О пребывании Алексея в Швеции известно только то, что он прекрасно справился с поручением, и уже в 1852 году два маленьких железных парохода проверенным маршрутом в разобранном виде доставили в Раимское укрепление. Пароход побольше назвали «Перовский», а другой, даже не пароход, а паровой баркас, — «Обручев». Видимо, тщательно взвесили заслуги каждого начальника края, прежде чем присвоить название. Командиром парохода назначили Бутакова, а баркаса — лейтенанта Христофора Эрдели. Теперь русские войска имели огромное преимущество при ведении боевых действиях в районе Аральского моря. Побывал в заграничной командировке и Григорий. Но не в захудалой тогда Швеции, а в Англии и в конце года тоже получил назначение командиром пароходо-фрегата «Владимир». Быть командиром лучшего парохода на Чёрном море и командиром маленького пароходика на Аральском — разница существенная. Младший брат вырвался по службе далеко вперёд. А тем временем в Русском географическом обществе заслушали доклад о географических открытиях, сделанных Алексеем Бутаковым Доклад опубликовали в следующем, 1853 году в «Вестнике» общества Это событие не прошло мимо недреманного ока английской разведки, внимательно следившей за всем, что происходило в Средней Азии. Английское правительство подозревало русских в коварном плане проникнуть в Индию. В журнале Королевского географического общества опубликовали сведения об экспедиции Бутакова и его карту Аральского моря. Это был сигнал русскому правительству о том, что его действия в Средней Азии находятся под пристальным вниманием. Международная известность, которую получил Алексей Иванович Бутаков, была, без сомнения приятной, но и в то же время… опасной. Со всеми русскими, которые приближались к границам Британской империи в Индии, всегда случалось что-то плохое, какая-нибудь беда Но Алесей Иванович об этом не думал, потому что его голова была занята куда более привлекательными мыслями.
Недолгое пребывание в Петербурге после возвращения из Швеции оказалось счастливым Он познакомился с дочерью генерала Николая Александровича Безобразова, Ольгой. Любовь не обходит стороной никого. Свадьба состоялась не в самое удачное время, осенью началась Крымская война Но если выбирать для свадьбы время, да ещё и с учётом внешнеполитических обстоятельств, можно вообще никогда не жениться. К месту службы Алексея Ивановича молодые поехали вместе, ну а там вскоре пришлось расстаться. Бутакову предстояло принять участие в боевых действиях. Пока внимание великих держав было приковано к европейской части, где шла ожесточённая война, завершившаяся потом жестоким поражением России, на Дальнем Востоке бескровно, а в Средней Азии «малой кровью», как говаривал красный маршал Клим Ворошилов, русские войска заняли огромные территории Об этом забывают, когда говорят о поражении России в Крымской войне и скорбят о потерянных территориях в европейской части. Все эти потери — просто копейки по сравнению со сделанными без особого шума новыми приобретениями. В 1853 году Обручева сменил генерал Василий Алексеевич Перовский, который лично возглавил новый поход, на этот раз более удачный. У кокандцев захватили крепость Ак-Мечеть, переименовав её в форт Перовский (генерал особой скромностью не страдал). В результате последующих боёв захватили территорию вдоль нижнего течения Сырдарьи, где возвели несколько укреплений. Успех этих действий подкреплялся огнём и высадкой десанта с парохода, которым командовал Алексей Иванович Бутаков. За боевое отличие его наградили орденом Св. Анны 2-й степени.
Братья Алексея Ивановича, Григорий, Дмитрий и Владимир, воевали в Крыму. Брата Ивана носило ветрами по морям и океанам в экспедиции вице-адмирала Путятина Алексею довелось завоёвывать чужую землю, а не защищать свою. В 1854 году Бутаков командовал отрядом из 300 казаков и 50 башкир, доставляя из Оренбурга в Аральское укрепление обоз с семью разобранными железными гребными судами и прочим военным имуществом. Затем на него навалились обязанности по организации верфи, созданию порта — словом, можно загибать много пальцев, чтобы перечислить, чем он занимался в абсолютно необжитой местности и в условиях постоянной угрозы нападения. Письма он получал нерегулярно и редко. В 1855 году пришло горькое известие о смерти в симферопольском госпитале брата Дмитрия, смертельно раненного на бастионе
В 1856 году Бутаков возобновил исследования, на сей раз Сырдарьи, от устья до урочища Кум-Сухта.