Но Бутакова понесло ещё дальше: в резкой форме он обвинил своего старого севастопольского товарища, Андрея Александровича Попова, в том, что тот при всех своих выдающихся заслугах кораблестроителя тормозит прогресс в кораблестроении. Более того, он подал в морской технический комитет записку с изложением своих взглядов на строительство броненосного флота. В ней Бутаков выдвинул серьёзные обвинения Попову: «Все корабельные инженеры отодвинуты в своей специальности на далёкий задний план, и только юноши, которые слепо подчинялись его требовательности, выдвинуты на первый план. Так что, если подобный порядок вещей продолжится, то у нас останутся только слепые исполнители в вопросе науки кораблестроения, вместо самостоятельных мыслителей науки этой. Блестящие проекты, пропагандируемые безустанно, можно сказать, на всех перекрёстках, и боящиеся света свободной технической критики науки, прикрываясь высоким именем августейшего генерал-адмирала, не суть то, что нужно государству, морские силы которого далеко ниже других».
Это была уже беспрецедентная критика не только Попова, но и генерал-адмирала. Резкостью своего выступления Григорий Иванович не приобрёл сторонников, зато нажил влиятельных врагов. Какая муха его укусила, непонятно. Общее состояние броненосного флота России, обрисованное им в своём выступлении, было незавидным, это все и без него знали, начиная с генерал-адмирала. Ничего нового он не открыл. Вопрос стоял о том, как выкрутиться из создавшегося положения при ничтожных средствах. Бутаков говорил всё правильно, но он ломился в открытые ворота, от него ждали совсем другого. С этого драматического выступления карьера Григория Ивановича бесповоротно покатилась вниз. Грешным делом, я думаю, что его хорошо «подогрела» Амалия Арсеньевна, люто ненавидевшая Попова, — за что, так и осталось неизвестным.
Видимо решив, что терять больше нечего, в марте Бутаков на очередном совещании в Морском министерстве вновь выступил с резким заявлением, которое вызвало бурю возражений. На этот раз он подверг жёсткой критике состояние обороны северных заграждений Кронштадта, утверждая, что противник может направить в Финский залив до 200 паровых баркасов и катеров, которые прорвут оборону Кронштадта. Никого адмирал особенно не убедил в этих страстях-мордастях, но на всякий случай решили оборону усилить. Когда начались боевые действия на Чёрном море, Константин объявил, что принимает на себя командование Балтийским флотом Это был удобный вариант смещения Бутакова с должности. Его назначили начальником отряда броненосной эскадры, состоявшего из двух броненосных батарей, шести мониторов и трёх винтовых деревянных канонерских лодок. Начальником штаба ему прислали старого коллегу по службе морским агентом Александра Егоровича Кроуна.
Отряд базировался в Свеаборге. Что означало такое перемещение по службе, Григорий Иванович и Амалия Арсеньевна уяснили очень быстро — семейный бюджет сократился на десять тысяч рублей. Старый друг Лесовский, как мог, старался смягчить удар, по крайней мере, с моральной стороны. Он просил Константина поручить Бутакову стать помощником управляющего Морским министерством
Оскорблённый Бутаков написал рапорт на имя Лесовского с просьбой передать командование мониторами младшему флагману, указав в качестве причины: «здоровье моё было значительно потрясено в текущую зиму». Позже, трезво поразмыслив, он забрал назад этот рапорт. Отныне он получал все указания не лично от генерал-адмирала или управляющего Морским министерством Лесовского, а из инспекторского департамента. В июне Григорию Ивановичу предписали создать команды для минирования балтийских портов. Уже не с вице-адмиралом согласовывали вопросы, а его обязывали действовать «по соглашению с заведующим минной частью флота контр-адмиралом Пилкиным», который был к тому же младше его по званию.
Под руководством генерала Эдуарда Ивановича Тотлебена Бутаков участвовал в разработке плана по усилению обороны Финляндии в случае войны с Англией. На Чёрное море Григория Ивановича не пустили, туда поехали воевать его ученики. Он внимательно следил за всеми перипетиями военных действий на море, подавая время от времени рапорты управляющему Морским министерством Лесовскому со своими замечаниями и предложениями.