Романтизм, благородные порывы, наивная вера в то, что он сумеет уничтожить воровство, процветающее в России веками, толкнули Бутакова на войну, которая оказалась труднее недавно окончившейся. Но уже первые шаги в этом направлении заставили его понять, что проще было стоять на мостике под вражескими ядрами, чем сражаться с чиновниками и торгашами. Понимать-то он понимал, что говорил ему отец, но всё равно ещё на что-то надеялся, о чём можно судить по отрывку из его письма капитану 1-го ранга Михаилу Павловичу Голицыну: «Мне нужна была для этого решимость, не содрогающаяся даже глаз на глаз со смертью, которая одна в состоянии понуждать на столь смелый шаг. Не боясь поднимать против себя, неопытного в законоведении, целую стаю опытных кляузников, прошедших на этом поприще огонь и воду, и, как акулы, чующие жирную добычу от раненого кита-подрядчика, совершенно готового сорить тысячами, когда в опасности его сотни тысяч и миллионы. Удобность выбранного мною случая состояла в том, что подрядчик был кругом виноват, и не заслуживал никакого сожаления, а главные из снисходительных к нему чиновников давно пользовались, и совершенно справедливо, плачевною репутацией, и, следовательно, также не заслуживали сожаления в том отношении, что на них разразится удар, прежде их миновавший, и минующий поныне столь многих, не менее их виноватых и запятнанных». Он думал о том, что «бедное отечество подтачивается страшным червем взяточничества, этою повсеместною нашею гангреною». И, как пишет дальше, «выбрал удобный случай, чтобы нанести, в пределах вверенного мне управления, удар всеобщему врагу».
Наивный прекраснодушный отважный моряк! Задача, которую он перед собой поставил, была сродни построению коммунизма в отдельно взятой стране, оказавшейся по воле судьбы Россией. На нашем веку мы насмотрелись всяких прожектёров на высоких государственных постах, но у тех, по крайней мере, были в распоряжении партия и государственный аппарат. В подчинении у Бутакова — в основном только скрытые недоброжелатели. Вначале генерал-адмирал поддерживал Григория Ивановича в его желании покончить с взяточничеством и мздоимством. Но хороший моряк и толковый офицер оказался плохим юристом и дипломатом Григорий Иванович раздражал многим и многих. Например, офицеры считали чудачеством, когда Бутаков, принимая доклады у себя в кабинете, давал подчинённому маленький листок бумаги, чтобы тот переписал отчёт. Метод обучения краткости изложения, конечно, своеобразный. Но это так, ерунда, мелочь. Бутаков всей душой хотел создавать новый флот, а ему досталось сокращать то, что ещё оставалось от старого.
Его захлестнула волна бумаг, связанных с увольнением людей, написанием ходатайств о назначении им пенсий, наград, рассмотрением бесконечных претензий и просьб. Петербург со своей стороны тоже требовал уйму справок, отчётов, донесений Кроме того, Григорию Ивановичу не давали покоя с многочисленными просьбами знакомые, жёны и вдовы известных адмиралов, всевозможные просители. На большинство этих просьб он отвечал твёрдым «нет!», хотя иногда следовало и согласиться. В 1863 году Бутакову аукнулся один из таких отказов.
Ему прислал конфиденциальную записку управляющий морским министерством Николай Карлович Краббе «Вдова вице-адмирала Ушакова, Екатерина Ушакова, просит пособие на уплату долгов на похороны мужа в 1856 году». Женщина обращалась тогда к Бутакову, но ответа не получила. Краббе интересовался, в чём же была причина такого бессердечного отношения к вдове, чтобы «оценить уважительность этой просьбы». Пришлось выкручиваться и оправдываться, что радости не доставило. Николай Михайлович Соковнин, боевой офицер, много лет командовал судами, в том числе фрегатом и пароходами, был на несколько лет старше Бутакова по выпуску. Во время обороны Севастополя воевал на 4-м бастионе, командуя левым флангом Получил контузию, чудом остался жив. Награждён за храбрость, произведен в капитаны 1-го ранга за отличие, оказался после войны, выражаясь современным языком, за штатом. Получал гроши, на которые нужно было ещё содержать семью.
Можно себе представить, каково ему было унижаться, прося Бутакова помочь перейти в Русское общество пароходства и торговли на должность командира одного из больших пароходов. «Благоволите вспомнить», — писал он, прося ходатайства на переход в пароходную компанию. Но, к чести Григория Ивановича, нужно отметить, что он не забывал боевых товарищей. Контр-адмирал помог Соковнину: сначала нашёл ему временное место, а в 1859 году устроил комендантом Феодосии.