Александр приказал атаковать наемников фалангой с фронта, а конницей — с флангов и тыла. Из 20 тысяч наемников только 2 тысячи были взяты в плен, остальных уничтожили. Пленных греков македонцы объявили изменниками, заковали и отправили в Македонию на каторжные работы.
Александр проявлял большую заботу о своих раненых, посещал их лично, беседовал почти с каждым. Убитых похоронили с воинскими почестями на поле боя, где был насыпан могильный холм. Родители и дети убитых воинов были освобождены от всех налогов. Александр приказал отлить медные статуи героев и установить их в храме.
Сражение на Гранике вызывает у военных историков различные мнения. Так, Г. Дельбрюк предполагает, что персы здесь вообще не хотели дать бой, а просто заняли эту позицию в предположении, что Александр не решится напасть на них при такой неудобной местности и будет вынужден потерять время на маневрирование. Тем временем персы могли бы произвести диверсию в Европу. Но все поведение персов, согласно положительному свидетельству всех первоисточников, не оставляет сомнений в том, что только тактические соображения обусловили выбор поля сражения. Тут мы имеем новое явление военной истории: персы, сознавая свою слабость, выбирают препятствие перед фронтом, чтобы затруднить неприятелю нападение.
Отмечается, что в сражении на реке Граник македонская армия, имея хорошее взаимодействие родов войск и составных частей боевого порядка, действовала с учетом местности и особенностей боевого порядка противника. Атакующее крыло состояло из кавалерии, которая сражалась вместе с гипаспистами. Боевой порядок македонской армии был построен с учетом осуществления маневра. Это было новым в развитии военного искусства. Сражение на реке Граник является первым примером в военной истории, когда регулярная конница сыграла решающую роль в победе.
В действиях персов военные историки отмечают несогласованность. Греческие наемники не поддержали персидскую конницу, которая напала на пехоту противника в очень выгодный момент — во время ее перестроения из походного в боевой порядок.
Большая часть греческих полисов добровольно подчинилась македонянам, однако были и исключения. Внешняя ориентация греческих городов в Малой Азии определялась борьбой партий в этих городах, наличием или отсутствием персидских военных сил и греческих наемников. Наемники оказывали войскам Александра ожесточенное сопротивление. Лишь постепенно, в результате успеха похода македонской армии, греческие наемники поняли, что им выгоднее служить македонскому царю, чем сражаться против него.
Победа на реке Граник открыла македонцам прямой путь в долину Тигра и Евфрата — центру персидской державы. Но Александр решил надежно закрепить эту победу созданием на побережье надежной промежуточной базы. Персы имели сильный флот (свыше 400 больших кораблей), который господствовал в Эгейском море и на востоке Средиземного моря. Он мог не допустить подвоза всего необходимого для поддержания боеспособности македонской армии. И это могло сорвать весь план Александра. Поэтому, прежде чем покорить Персию, он решает уничтожить ее морскую силу.
По приказу Александра македонские войска начинают захватывать все средиземноморское побережье Персидской империи. В 334–333 годы до н. э. он, завоевывая прибрежные районы Малой Азии, занимает одну за другой крепости, включая главный город Фригии Гордион, где произошел знаменитый инцидент с гордиевым узлом. Сопротивление македонская армия встретила только в Галикарнасе.