Военные историки отмечают высокую маневренность боевого порядка македонской армии, в то время как массы персидской пехоты и конницы были неповоротливы, а глубокое построение не позволяло им использовать свое численное превосходство. Исход боя решил фланговый удар тяжелой конницы, которая воспользовалась успехом лучников и легкой пехоты, захвативших переправу через Пинар на правом фланге боевого порядка македонской армии. Считается, что такое хорошее маневрирование в бою стало возможным вследствие расчленения боевого порядка и наличия опытных частных начальников. Между составными частями боевого порядка было налажено взаимодействие. Так, например, удар тяжелой конницы поддержали два подразделения фаланги. Наличие конницы и легкой пехоты позволило организовать тактическое преследование разбитой армии персов. Организация преследования была новым в то время явлением в истории военного искусства, связанным с развитием конницы как подвижного рода войск.
Также в сражении при Иссе Александр, по мнению военных историков, видоизменял методы фланговой атаки, применяя их к данным обстоятельствам и не изменяя духа самого боя. Он побеждает как числом и храбростью своих воинов, так и сплоченностью войска, отдельные части которого настолько подчинялись воле полководца, что он мог в любую минуту свободно распоряжаться ими, направляя их по своему желанию и усмотрению. Наконец, он побеждает гениальным руководством, осторожно ведя наступление, самоуверенно пренебрегая фланговым расположением персов и кажущимися непреодолимыми трудностями местности. Мудро отступая от обычной схемы, он укрепляет ведущее крыло и возбуждает во всем войске дух смелого наступления
Персидские потери в сражении при Иссе были огромны — более 50 тысяч человек. Македоняне потеряли 450 человек. Эта победа изменила политическую и военную обстановку для армии Александра Македонского в лучшую сторону. В персидском флоте после победы македонской армии и утверждения ее на побережье началось разложение. Финикийцы, составлявшие большинство флотских экипажей, испугавшись возможного нападения македонян, разбежались по домам. Господство на Эгейском море окончательно перешло к греко-македонскому флоту.
Рисунок-реконструкция мозаики (I век н. э.), изображающей кульминационный момент битвы при Иссе
Население и гарнизоны городов Финикии сдавались македонской армии без сопротивления. Только жители Тира (Сур) не открыли ворота, хотя обещали заключить с Александром союз и не помогать персам. Однако тирский царь Адземилк воевал на стороне персов, а тирская флотилия была одна из самых многочисленных в Средиземном море. Переговоры Александра с горожанами ни к чему не привели — они даже отказали правителю Македонии войти в Тир с целью принести жертвы Гераклу. Жители Тира почитали финикийского бога, которого греки отождествляли с Гераклом, а ведь именно от этого божества Александр отсчитывал свою генеалогическую линию.