Бактрия и Согдиана находились в узле важных торговых путей. Чтобы обеспечить македонское господство в восточной части персидской деспотии, необходимо было завоевать эти сатрапии. Для решения этой задачи македонским завоевателям потребовалось еще 3,5 года.
Теперь македонянам предстояло овладеть Гирканией. Македонская армия, разделившись на три части, вторглась в эту сатрапию с разных направлений, имея целью соединиться в Задракарте. Овладев горными проходами из Мидии и «Парфии, македонская армия обеспечила себе коммуникации для дальнейшего похода.
В 329 году до н. э. македонская армия двинулась на Сузию, Артаксану и далее на Бактры. Первые два города капитулировали без боя. Двигаясь далее, македоняне основывали новые города — Александрии, — являвшиеся укрепленными пунктами с сильными гарнизонами на коммуникации. Однако ближайший тыл македонской армии оказался неустойчивым: покоренные племена восстали против македонян; Артакоана стала центром восстания. Коммуникация македонской армии была прервана. С целью восстановления своих сообщений македонская армия повернула назад, за двое суток конница прошла свыше 130 км и внезапно для восставших оказалась под стенами Артаксаны. Восставшие потерпели поражение, и коммуникация была восстановлена. Оставив сильные гарнизоны в Артаксане и Александрии (Герат), македонская армия снова двинулась в Бактрию. Она форсировала горный хребет Парпансиды (Гиндукуш), заложила новое укрепление на коммуникации — Александрию — и двинулась на Драпсак. После отдыха в Драпсаке македонская армия подошла к Бактре и взяла ее приступом. Но это было лишь началом вторжения в чужую страну.
В том же 329 году до н. э. македонская армия форсировала реку Окс (Аму-Дарья) шириной свыше одного километра, с большой глубиной и быстрым течением. Леса для постройки моста не оказалось. Македоняне сшили мешки из кож, набили их соломой и сухими виноградными лозами и использовали при переправе как плоты. Македонская армия за 5 дней переправилась на правый берег реки Оке и вторглась в Согдиану. Македоняне заняли Мараканду (Самарканд) — главный город сатрапии. Затем македонская армия вышла к реке Якаарт (Сыр-Дарья), на берегу которой был потом заложен сильно укрепленный город Александрия Крайняя (Ходжент). Но, чтобы укрепиться в Согдиане, потребовалось два года упорной борьбы с племенами, сражавшимися за свою независимость.
Борьбу с македонскими завоевателями возглавил Спитамен — талантливый кавалерийский начальник Согдианы, опиравшийся на союз со скифскими племенами. Население Согдианы стойко сопротивлялось, нападая на мелкие отряды противника, его фуражиров и небольшие гарнизоны. Опорными пунктами жителей Согдианы были укрепления, устроенные на труднодоступных скалах.
Во время подготовки македонской армии к походу на скифов местное население подняло большое восстание, в результате которого были уничтожены македонские гарнизоны в семи городах, расположенных в долине реки Яксарт. Отряд под командованием Спитамена осадил македонский гарнизон в Мараканде. Скифы сосредоточивались на правом берегу