2 ноября 1939 года был назначен начальником Управления НКВД по Хабаровскому краю, с 26 февраля по 18 июля 1941 года возглавлял Управление НКГБ по Ленинградской области, с 1941-го — начальник Особого отдела НКВД по Северному фронту, с июля того же года — по Ленинградскому.
Со 2 мая 1942 года по 11 августа 1942-го — начальник Особого отдела НКВД по Московскому военному округу.
Начальник 3-го управления ГУГБ НКВД СССР с 11 августа по 11 ноября 1942 года.
Погиб при выполнении боевого задания. В ноябре 1942-го он координировал действия НКВД Карело-Финской ССР, УНКВД по Архангельской и Вологодской областям и особым отделам НКВД Волховского и Карельского фронтов по ликвидации немецких диверсионно-разведывательных групп.
10 ноября операция была успешно завершена. После чего Куприн вылетел в Ленинград, но самолет с руководителем военной контрразведки был перехвачен двумя немецкими истребителями и сбит над Ладожским озером.
На второй день войны директивой НКО СССР от 22 июня 1941 года был сформирован Северный фронт (СФ) под командованием генерал-лейтенанта М. М. Попова. В период с 25 июня по 29 июня 1941 года авиация фронта, а также авиация Северного и Краснознаменного Балтийского флотов провела воздушную операцию против Финляндии, в ходе которой нанесла удары по аэродромам авиации и арсеналам противника на территории Финляндии и Северной Норвегии. Разведывательные данные авиаторам были предоставлены армейскими чекистами НКВД и военными разведчиками фронта и флотов.
Северный фронт просуществовал недолго — 23 августа 1941 года на основании директивы Ставки ВГК от того же числа он был разделен на Ленинградский и Карельский фронты. Но, несмотря на такой короткий промежуток времени, военные контрразведчики фронта показали себя положительно. Они боролись против происков абвера и других шпионско-подрывных служб фашистской Германии. Немцами для руководства разведывательной, террористической и диверсионной деятельностью был создан специальный орган абвера — «штаб Валли». Подчиненные ему абверкоманды и абвергруппы имелись при всех крупных штабах фашистского вермахта. Офицеры абвера функционировали в дивизиях и отдельных воинских частях. В тесном контакте с ведомством Канариса действовали против советских войск разведывательные отделы (1Ц) штабов войсковых соединений вермахта. Наряду с разведкой отделы 1Ц проводили контрразведывательную деятельность в прифронтовой полосе.
На протяжении войны немецкой разведкой в советский тыл были заброшены сотни диверсионных групп. Немало их направлялось в северные широты — туда, где проходили наши стратегические коммуникации.
Только в 1941 году органы военной контрразведки и войска по охране тыла действующей армии задержали и разоблачили в зоне ответственности Северного, а затем Ленинградского фронтов около 650 шпионов и диверсантов.
Оперативные работники Особого отдела 115-й стрелковой дивизии Ленинградского фронта (ЛФ), постоянно находившейся во втором эшелоне, — заместитель начальника Особого отдела НКВД дивизии майор И. А. Гнездин, следователь М. Н. Михлин и другие неоднократно бывали на плацдарме для осуществления контрразведывательных мероприятий. Не раз армейским чекистам приходилось переправляться через Неву на Большую землю для доклада о положении дел на «Невском пятачке» начальнику Особого отдела Ленинградского фронта П. Т. Куприну, который внимательно следил за событиями на «пятачке» и оказывал большую помощь коллективу отдела…
Почти все смотрели фильм Станислава Ростоцкого «А зори здесь тихие.» по повести Бориса Васильева. Сюжет фильма построен на реальных событиях, произошедших во время войны в районе Кировской железной дороги (до 1935 года — Мурманская, а ныне — Октябрьская ж/д. —
В ночь на 1 сентября 1942 года наземные посты службы воздушного наблюдения, оповещения и связи 7-й воздушной армии (ВА) Карельского фронта (КФ) зафиксировали перелет через линию фронта немецкого самолета. Через два часа линию фронта пересек еще один самолет. Оба самолета следовали со стороны оккупированного противником Петрозаводска через Онежское озеро на восток. Об этом сразу же стало известно чекистам 7-й воздушной армии, а через них — руководству Особого отдела Карельского фронта, которое приняло соответствующие меры. Во все подчиненные особые отделы 7-й ВА и другие войска, а также руководителям управлений ГБ Карелии, Архангельской и Вологодской областей были направлены ориентировки.