Главной внутренней слабостью порядка Омейядов, из-за которой в конечном счете и произошло их падение, была непрерывная вражда среди самих арабских племен. Арабская национальная традиция делит племена на две основные группы: северную и южную, и у каждой подробнейшее генеалогическое древо показывает взаимосвязи между разными племенами внутри группы и их происхождение от общего предка. В доисламской Аравии тоже шли межплеменные войны, но они затрагивали соседние племена, часто родственные друг другу. Возникновение междоусобных войн между крупными союзами племен стало результатом завоеваний. В амсарах арабы селились по кварталам согласно своим племенам. Эти кварталы образовывали союзы из соперничающих фракций, но не по географическому принципу, а скорее как своего рода мозаику. Родословные арабских преданий, вероятно, вымышленны, но тем не менее играют важную историческую роль, так как они доминировали в жизни арабов во времена Омейядов. Первое неясное проявление междоусобицы между северным и южным «союзами» относится к периоду Муавии, после чего она начала стремительно развиваться, прорываясь открытым насилием каждый раз, когда ослабевал авторитет центрального правительства. Так случилось после смерти Язида, когда Кайс, один из глав северных племен, отказался признать его преемника и поддержал Ибн аз-Зубайра. Омейяды при поддержке южного племени кальб смогли разгромить их, одержав победу при Мардж-Рахите, но династия Омейядов утратила свой нейтралитет и погрузилась в трясину стычек. После Абдул-Малика халифы обычно опирались на ту или иную сторону, и сам титул халифа выродился в пост, на который кандидатов назначали стороны племенного конфликта. Высказывались предположения, что столь глубоко укорененная и незатухающая борьба должна была иметь более серьезные причины, нежели воображаемые генеалогии арабских преданий. Эти причины обнаружились в конфликте интересов между арабами, мигрировавшими на завоеванные территории еще до их завоевания – в основном арабами южного происхождения, и преимущественно северными арабами, которые пришли с исламскими армиями. Этот диагноз подкрепляется тем фактом, что южные племена были в основном более восприимчивы к шиитской пропаганде, что позволяет предположить некоторую общность их интересов с мавали.
Главной территорией конфликта во второй гражданской войне был Ирак, где присутствовали, и в активной форме, все эти факторы. Куфа, растущий, важный город, был главным центром и пережил ряд потрясений. Первые годы правления Абдул-Малик в основном занимался восстановлением порядка среди арабов, улаживанием дел династии и установлением мира на северной границе посредством соглашения с Византийской империей. К 690 году он уже был готов к действиям против мятежников, и в течение трех лет ему удалось добиться общего признания.
Теперь перед ним встала задача по созданию нового политического устройства. Найденный им ответ заключался в большей степени централизации и концентрации власти у правителя, а также в том, чтобы положить в ее основу военную мощь сирийской армии. Халифат Абдул-Малика не был автократией старого восточного типа, но скорее централизованной монархией, видоизмененной арабскими традициями и остаточными идеями теократии. В правление Абдул-Малика происходил процесс, известный арабским историкам как «устройство и подгонка». Прежние византийские и персидские системы управления, до тех пор сохранившиеся в нескольких провинциях, постепенно сменились новой арабской имперской системой с арабским в качестве официального языка администрации и делопроизводства. В 696 году началась чеканка арабских монет вместо использовавшихся до той поры имитаций византийских и персидских монет. Абдул-Малик и его советники также положили начало процессу фискального упорядочения, из которого его преемники выкристаллизовали новую и специфически исламскую систему налогообложения. Он оставил своему наследнику мирную и могущественную империю, обогащенную общественными сооружениями и преобразованиями, на которые были потрачены огромные усилия. Однако ему не удалось решить основных проблем, а лишь отодвинуть их.
Правление аль-Валида (705–715) во многом стало вершиной могущества Омейядов. Главным образом этот период интересен возобновлением процесса завоевания и расширения, который теперь распространился на три новые области. В Центральной Азии Кутейба ибн Муслим, ставленник Аль-Хаджжаджа, наместника Ирака при Абдул-Малике, первым твердо установил арабскую власть на землях за Амударьей, оккупировав Бухару и Самарканд и одержав громкие победы. Что касается юга, то арабские войска заняли индийскую провинцию Синд. Однако они не предприняли следующих шагов в связи с этим, и завоевание Индии мусульманами произошло уже гораздо позднее. Более значительным свершением стала высадка в Испании в 710 году, за которой быстро последовал захват большей части Пиренейского полуострова.