Хоть река и была убрана в трубу еще в XIX веке, она играла значительную роль в хозяйственной жизни и промышленности средневековой Москвы, влияла на формирование уличной сети, стала частью городского мифа. Общая длина реки составляла 7,5 км. Неглинная брала начало из Пашенского болота, располагавшегося в районе Марьиной Рощи и окончательно засыпанного в 1930-е годы. Затем река устремляла свои воды на юго-восток, шла по линии Новосущевской улицы и Самотечных переулков. Историческое название верхней части Неглинной – Самотека, оно восходит к медленному, вальяжному течению реки. Река в этих местах действительно образовывала систему прудов (в т. ч. Верхний и Нижний Самотечный) с проточной водой. В районе современной Самотеки река принимала довольно крупный приток – речку Напрудную (раньше существовало село с одноименным названием, о чем напоминает церковь Трифона в Напрудном).
Ход реки проследить нетрудно, он уверенно читается в московском пространстве: довольно узкая, но с островками зелени улица Неглинная ломается под довольно острым углом, затем сменяется Цветным бульваром, который выглядит гораздо просторнее. Сквер, который раньше называли Самотечным бульваром, превосходит по ширине и Цветной бульвар.
В районе Бульварного кольца находилась знаменитая «труба» – отверстие с решеткой в стене Белого города, где река уверенно входила в центр Москвы. Жизнь на берегу кипела – на Неглинной Сила Сандунов построил свои первые бани, в районе Пушечной улицы в XVI–XVIII вв. располагалась крупная артиллерийская мануфактура, подарившая России Царь-пушку. В нижнем течении реки располагалась плотина с Лебяжьим прудом (между Ленивкой и Боровицкой площадью до сих пор находится Лебяжий переулок). В XVII веке река могла похвастаться мельницами, в районе Кремля находился Аптекарский сад, где выращивали лекарственные травы. Дополняли пеструю картину мосты – сохранившийся Троицкий, а еще Воскресенский, который сейчас экспонируется в Музее археологии Москвы, и другие.
Нынешний Троицкий мост, некоторое время называвшийся Ризоположенским, появился в 1516 году. Его проектировал Алевиз Фрязин, занимавшийся укреплением Кремля со стороны Александровского сада. Мост соединяет 80-метровую Троицкую башню, самую высокую в ансамбле Кремля, с Кутафьей башней. В XVII веке часть моста была подъемной, и Кутафья башня надежно защищала главную российскую крепость от вражеского вторжения. Вода не проходила через некоторые пролеты Троицкого моста, появлялась запруда, делавшая систему кремлевских укреплений еще более серьезной. Кремль в Средние века представлялся неприступным островом, и Троицким мостом пользовались, чтобы попасть в Занеглименье. Сейчас музыкальное название используется крайне редко, потому что путь Неглинки в пространстве города рисуется очень смутно. В Александровском саду есть несколько вентиляционных киосков Неглинной, замаскированных под античные жертвенники. Если приложить к ним ухо, можно услышать шум воды.
При Елизавете Петровне и Екатерине II вынашивали планы облагораживания реки. Настоящим произведением искусства видится нам из XXI века Кузнецкий мост – работа зодчего Д. В. Ухтомского. В 1790–1791 гг. на участке от Трубной площади река была заключена в открытый канал. В начале XIX века древняя артерия потеряла свое значение – сюда сбрасывались отходы, А. В. Жуковский в произведении 1808 года «Марьина Роща» делает пометку о «ныне мутной Неглинной». Реке было предначертано уйти под землю. Неглинная исчезала постепенно – первым в 1817–1819 гг. исчез участок возле Боровицкого холма, на его месте разбили Александровский сад. Характерно, что устье реки отразилось в топонимике: нынешняя Манежная улица возле Кремля до 1922 года называлась Неглинной. Даже будучи заключенной в трубу, река умудрялась напоминать о себе – в большие ливни старый коллектор не справлялся с потоками воды, и Москву вплоть до 1960-х годов тревожили наводнения. У Гиляровского находим: «Столешников переулок представляет из себя бурный поток, несущий щепки, хлам, поленья дров и большущую бочку. За ней по тротуару мчатся мальчишки по грудь в воде, догоняют ее, ловят, но не в силах удержать… А поток с шумом мчится через Петровские линии в главный резервуар – Неглинный проезд, представляющий собой реку в разливе…» Лишь в 1970-е годы появился новый водосток, навсегда спасший столицу от стихийных бедствий, но реку при этом отвели к нынешнему Большому Москворецкому мосту, почти в Зарядье.