Для того чтобы мнение свое по поводу образа действия Остина и Пенни должным образом обосновать, адмиралтейство создало расследовательскую комиссию из пяти человек. Двадцать два дня работала эта комиссия и успела за этот срок допросить тридцать человек. Результаты деятельности ее легко можно было предугадать. Капитан Остин почти во всех своих действиях был целиком оправдан, а в отношении капитана Пенни комиссия решила, что его действия должны быть осуждены, так как его намерение снова отправиться в экспедицию якобы возникло лишь после того, как он убедился, что неожиданное возвращение его и Остина вызвало общее недовольство. Заслуживает внимания, что среди противников Пенни оказался также Джон Росс, не желавший простить ему его враждебное отношение к своему любимцу, эскимосу-шарлатану, Адаму Беку. Росс с удивительным упрямством продолжал полагаться на слова Бека, утверждавшего, будто Франклин погиб со своими кораблями близ северных берегов Гренландии.
Дела Пенни находились, таким образом, вскоре после его возвращения в очень печальном состоянии, сам же он совершенно не умел себе помочь, так как, выступая, он почти каждый раз горячился, а слова его не всегда соответствовали сказанным раньше. Тем более поразительно, что идея опозоренного адмиралтейством Пенни была тем же адмиралтейством подхвачена и даже принята за основу плана действий новой экспедиции. Та же самая комиссия, что так несправедливо осудила Пенни, пришла к выводу, что необходимо в самом срочном порядке вторично снарядить суда Остиновской экспедиции и направить их как раз в северную часть канала Веллингтона, то есть туда, куда считал нужным пойти Пенни, тогда как от обследования" Мельвилева острова и окрестностей мыса Уокер, по мнению комиссии, следовало совсем отказаться. От услуг самого Пенни адмиралтейство однако отказалось.
Это положение дела сохранялось к общему неудовольствию до марта месяца 1852 года, когда в парламенте послышались голоса, требующие оправдания Пенни. Только после этого он был реабилитирован, но возвратиться к начатой им деятельности ему так и не удалось.