Немедленно после выхода из дока «Камикава-мару» перешёл в Йокосука, откуда 22 марта отправился на Трук, а затем в Рабаул. Прибыв в Рабаул 1 апреля, уже 18-го числа он отправился назад в Йокосука (с заходом на Трук), куда и прибыл 29 апреля. В Йокосука в командование гидроавианосцем вступил бывший командир «Киёкава-мару» капитан 1 ранга Хара Сэйтаро, назначенный на эту должность ещё 26 апреля.
Всё это время авиагруппа «Камикава-мару» продолжала действовать в районе Соломоновых островов. 15 апреля 1943 г. 11-я дивизия авианосцев была расформирована, а авиагруппы гидроавианосцев, действовавшие с Шортленда и Рекаты, были сведены в 938-ю авиагруппу флота. С ростом американского превосходства в воздухе японской гидроавиации всё чаще приходилось переходить на действия ночью, вроде бомбёжек аэродрома Хендерсон-Филд, весь март лишавших спокойного сна американских солдат вокруг аэродрома. Разумеется, такие результаты выглядят весьма бледно по сравнению с успехами начального периода войны, но и противник у японских лётчиков был совсем другой как количественно, так и качественно. Так, несмотря на все меры маскировки, американцы смогли найти японский гидроаэродром Попоранг возле стоянки Шортленд, атаковать его 29 марта и безнаказанно сжечь несколько стоявших у берега F1M2.
Сам «Камикава-мару» после расформирования 11-й дивизии был подчинён непосредственно Флоту Юго-Восточного района. 14 мая 1943 г. он вышел из Йокосука на Трук вместе с транспортами «Хакодзаки-мару» и «Тонэй-мару». Прибыв на Трук 23 мая, корабль выгрузил там самолёты, авиабомбы и другое военное снаряжение, после чего утром 26 мая покинул атолл и под эскортом морских охотников №12 и №37 отправился в Рабаул. 28 мая, около 10:00, к северу от Кавиенга маленький конвой был атакован одиночным бомбардировщиком В-24 «Либерейтор», но «налётчика» смогли отогнать.
Однако самая большая опасность для гидроавианосца была ещё впереди. Невзирая на сильный шквал, американская подводная лодка «Скамп» (SS277) смогла успешно выйти в атаку на «Камикава-мару» и в 12:03 поразить его тремя торпедами в правый борт. Первая торпеда попала в трюм №1, вторая — в машинное отделение, третья — в трюм №4. Гидроавианосец лишился хода и стал сильно оседать кормой. После неудачных попыток буксировки был отдан приказ оставить корабль. Но «Камикава-мару» упорно не желал тонуть, и в 00:16 29 мая «Скамп» снова атаковала его. Попадание одной, выпущенной почти в упор, торпеды в трюм №2 с левого борта оказалось смертельным — уже в 00:21 гидроавианосец пошёл на дно, заваливаясь на левый борт. Вместе с кораблём, затонувшим неподалёку от острова Эмирау в 255 милях к северо-северо-западу от Кавиенга (0Г00' ю.ш., 150"18' в.д.), погибли 39 членов экипажа (в том числе командир капитан 1 ранга Хара Сэйтаро) и 3 гражданских служащих армии. Американской подлодке удалось уйти безнаказанно, несмотря на контратаки охотников.
Гидроавианосец был исключён из списков флота приказом по внутренней службе N21455 от 18 июля 1943 г.
На сданном заказчику 15 июля "Кимикава-мару" не успела ещё "высохнуть краска", а его уже поставили на линию Кобэ — Нью-Йорк. В конце июля 1937 г. судно отправилось в свой первый рейс через Панамский канал до Нью-Йорка и обратно. До конца года теплоход совершил всего пять таких рейсов, а с 1938 по 1940 г. — по три рейса в год по тому же маршруту. В середине 1941 г. "Кимикава-мару" отправился в свой последний рейс — отношения между Японией и США были напряжены до предела, что никак не могло не сказаться на торговле.
По возвращении из Нью-Йорка судно было мобилизовано (6 июля 1941 г.), и арсенал Курэ начал работы по его переоборудованию. 25 июля 1941 г. приказом по внутренней службе №837 "Кимикава-мару" внесли в списки флота как гидроавианосец и приписали к ВМБ Сасэбо.