С созданием 14 июля 1942 г. нового 8-го флота, отвечавшего теперь за действия в юго-западной части Тихого океана, в том числе на Новой Гвинее и Соломоновых островах, "Киёкава-мару" был немедленно включён в его состав. Первой операцией, в которой гидроавианосец был задействован в составе нового флота, стала операция "RI" по переброске японских войск в район Буна-Гона (восточное побережье острова Новая Гвинея) с целью атаки Порта-Морсби сухопутным путём. 20 июля гидроавианосец покинул Рабаул в эскорте конвоя, а на следующий день в 14:40 его гидросамолёт обстрелял миссию в Буне, не встретив ни вражеской авиации, ни ПВО.[*** В этом районе находился только один взвод Папуанского пехотного батальона, состоявшего из туземных солдат под командованием австралийских офицеров.] Высадка японских войск у Гона вечером 21 июля прошла без проблем, как и расширение плацдарма, так что уже 24-го "Киёкава-мару" вернулся в Рабаул.
Вскоре после возвращения в Рабаул корабль был отправлен в Давао, где он вместе с транспортом "Мёко-мару" принял на борт 2-й и 3-й батальоны 41-го пехотного полка, после чего повёз их в Рабаул, а оттуда — в Гона, где и выгрузил их 21 августа, после чего вернулся в Рабаул.
Конец августа — начало сентября 1942 г. "Киёкава-мару" провёл в Рабауле, периодически используясь в качестве плавучей заправочной станции. Впрочем, это не мешало его авиагруппе активно действовать — её самолёты долетали даже до Порт- Морсби. 18 сентября корабль покинул Рабаул и отправился в Йокосука, куда прибыл 26-го числа. Там он получил нового командира — капитана 1 ранга Хигути Ко, до того командовавшего знаменитой истребительной авиагруппой "Тайнань".
2 октября "Киёкава-мару" покинул Йокосука и взял курс на Рабаул, но добраться до него без происшествий кораблю не удалось: 11 октября в проходе Сент-Джордж неподалёку от Рабаула его атаковал Локхид "Хадсон" из 6-й эскадрильи RAAF, заявивший о двух прямых попаданиях 113-кг бомб. После ремонта, проведённого в середине октября с помощью плавмастерской "Хаккай-мару", гидроавианосец продолжал отстаиваться в Рабауле. Только один раз в начале ноября "Киёкава- мару" сходил в Буну с грузом боеприпасов и других предметов снабжения для японских войск на Новой Гвинее.
29 ноября "Киёкава-мару" вышел из Рабаула и направился в Японию, при этом его авиагруппа, оставшаяся на передовой, была включена в состав 958-й авиагруппы флота.
1 декабря 1942 г. приказом по внутренней службе №2212 гидроавианосец "Киёкава-мару" был исключён из списков флота. В тот же день приказом по внутренней службе №2213 судно было внесено в списки флота в качестве транспорта (приписка к BMP Йокосука при этом не изменилась).
Корабль прибыл в Йокосука 7 декабря, где и прошёл переоборудование в транспорт. При этом 13-го числа в командование транспортом вступил капитан 1 ранга резерва Хара Сэйтаро.
В отличие от гидроавианосца "Киёкава-мару", транспорт "Киёкава-мару" путешествовал много, перевозя грузы и войска по Тихому и Индийскому океанам. Так, уже 20 декабря 1942 г. "Киёкава-мару" покинул Йокосука и отправился на Трук, затем в Рабаул и на Шортленд, после чего вернулся в Сасэбо, а в конце января 1943 г. ходил в Шанхай.
Следующей задачей, поставленной перед транспортом, была перевозка подкреплений на Новую Гвинею. 3 февраля "Киёкава-мару" покинул Сасэбо и через два дня прибыл в Циндао, где на борт был погружен личный состав и снаряжение частей 41-й дивизии. 7 февраля транспорт покинул Циндао и отправился к островам Палау, куда прибыл 14-го числа. 21 февраля "Киёкава-мару" отправился с Палау в Вевак (остров Новая Гвинея) в составе небольшого конвоя, состоящего из транспортов "Киёкава-мару", "Ясукуни-мару" и "Укисима-мару", которых прикрывал эсминец "Исонами". В 12:20 24 февраля корабли прибыли в Вевак. После быстрой разгрузки конвой покинул порт в 04:30 следующего дня. 26-го конвой разделился, и "Киёкава-мару" отправился в Японию самостоятельно (прибыл в Кобэ 13 марта).
В Японии транспорт прошёл ремонт и докование (в Йокогама; конец марта — середина апреля) и, кроме того, сменил подчинённость (с 1 апреля 1943 г. был подчинён 2-му Южному экспедиционному флоту, отвечавшему за центральную и восточную части Голландской Восточной Индии) и капитана (12 апреля должность принял капитан 1-го ранга резерва Фудзисава Такуо).