Три Ju 290А-5 переоборудовали в 50-местные пассажирские самолеты Ju 290А-6. Два из них передали «Люфтганзе», и оба закончили свою карьеру в Мюнхене. Самолет с заводским номером WNr. 110174 и гражданской регистрацией D-ATIP был уничтожен в результате бомбардировки 27 декабря 1944 г., а вторая машина (WNr. 110176) получила повреждения при посадке в мюнхенском аэропорту 7 апреля 1945 г. и в дальнейшем не восстанавливалась. Третий Ju 290А-6 (WNr. 110178 «Байерн») предназначался для летного отряда фюрера (Fuhrer-Kurierstaffel). На этой машине собирались применить герметичную кабину, но неудачно — требуемой герметичности добиться не удалось.
Все ранее строившиеся разведчики Ju 290А были чистыми разведчиками — подвеска бомб на них не предусматривалась. Оно и понятно — времена, когда «Кондоры» безнаказанно бомбили в океане одиночные суда, безвозвратно канули в лету. Однако создание в Германии управляемых авиабомб и противокорабельных ракет, позволяющих поражать цели без входа в зону зенитного огня, дало второй шанс неповоротливым четырехмоторникам. Поэтому на модификации Ju 290А-7 установили три бомбодержателя ЕТС — два под внешними частями крыла и под фюзеляжем. На них предполагалось подвешивать противокорабельные управляемые ракеты Hs 293 или управляемые авиабомбы FX 1400 (возможной была также подвеска обычных авиабомб калибром до 1000 кг). В очередной раз было усилено стрелковое вооружение — в новой остекленной части фюзеляжа установили дополнительную пушку MG 151/20, такие же пушки (по образцу самолета WNr. 110180) установили в боковых окнах. Таким образом, общий состав вооружения довели до семи пушек и одного пулемета. Максимальный запас топлива увеличился до 16780 кг, что позволило довести дальность полета до 7540 кг. Численность экипажа составляла 9 человек.
Первый экземпляр Ju 290А-7 получили путем переделки Ju 290А-7 WNr. 110165, получившего новый заводской номер WNr. 110196. Люфтваффе заказали 25 таких серийных самолетов, но реально построили только 12 (WNr. 110181, 110185-110195). Несмотря на наличие бомбодержателей, Ju 290А-7 ни разу в качестве ударных не применялись, используясь только как разведчики. Один из них (WNr. 110192) в феврале 1945 г. переоборудовали в личный самолет Гитлера, но сам фюрер ни разу воспользоваться им не успел. Эта машина была уничтожена на аэродроме Мюнхен-Рием во время бомбардировки союзников 24 марта 1945 г.
Вариант Ju 290А-9 представлял собой самолет с ещё более увеличенной дальностью: благодаря установке двух 2500-литровых топливных баков в фюзеляже её удалось довести до 8300 км. Состав вооружения сократили, оставив лишь три пушки MG 151/20: в передней верхней башне, носовой части подфюзеляжной гондолы и хвостовой фюзеляжной установке. Построили два таких самолета (WNr. 110182 и 110183), а ещё один — переоборудовали из Ju 290А-7 (WNr. 110185). Предполагалось использовать такие машины для рейсов в Японию, но в конце концов от этих планов отказались. Идею полета в Страну восходящего солнца реанимировали в конце 1944 г., когда в Травемюнде начали переделку для этой цели одного из Ju 290А-3 (WNr. 110163). Самолет должен был доставить в Японию нового немецкого военно-воздушного атташе генерала Ульриха Кесслера (Ulrich Kessler). В конечном итоге, генерал отправился к новому месту службы на подводной лодке, а так и не завершивший переоборудование самолет был взорван 3 мая 1945 г. чтобы не достался противнику.
Последним вариантом Ju 290А стал Ju 290А-8 — развитие «семерки» с усиленным оборонительным вооружением. Наверху фюзеляжа установили ещё две пушечные башни, доведя их общее количество до четырех(!). Таким образом, оборонительное вооружение самолета состояло из девяти пушек MG 151/20 и одного пулемета MG 131. Было заказано 11 машин Ju 290А-8, но начали постройку лишь двух (WNr. 110184 и 110212), однако и те до окончания войны так и не достроили.