В данной кампании намного результативней стала действовать и морская авиация. К началу рассматриваемого периода в дальней зоне мог быть использован единственный на тот момент в ВВС ЧФ минно-торпедный полк, в составе которого имелось всего 15 торпедоносцев Ил-4. В I квартале из 521 самолето-вылета, произведенного самолетами части, на дальнюю зону пришлось примерно 60 вылетов с торпедами и 18 вылетов с бомбами (30 марта для удара по судам в порту Севастополя). Такое распределение внимания объяснялось задачами, поставленными перед ЧФ по блокаде кубанского плацдарма противника. Тем не менее, уже с конца марта штаб ВВС ЧФ, помимо продолжавшихся вылетов на «свободную охоту», начал организовывать групповые удары торпедоносцев на основе данных воздушной разведки. Следует отметить, что подлетное время с аэродромов Гудауты и Адлер составляло 3,5-4 часа, вследствие чего далеко не каждый раз машинам удавалось обнаружить цель.
Во II квартале, в связи с постановкой других задач (разведка в интересах подлодок, минные постановки на Дунае и Днепре), число вылетов торпедоносцев и бомбардировщиков для атаки конвоев и портов в дальней зоне несколько сократилось, зато был одержан первый крупный успех — 12 июня у мыса Тарханкут группой бомбардировщиков был потоплен транспорт «Биргит» (1971 брт). Тем не менее, командованием был сделан далеко не однозначный вывод о предпочтительности применения торпедного оружия, и в дальнейшем вылеты самолетов с бомбовой нагрузкой осуществлялись почти исключительно при ударах по портам или при нехватке торпед.
В III квартале усилия морской авиации по нарушению коммуникаций противника еще более выросли. Во-первых, торпедоносцы прекратили действовать в ближней зоне, где крупные суда не плавали. Во-вторых, благодаря передислокации основных сил 4-го воздушного флота с Кубани под Курск, с июля бомбардировочная и минно-торпедная авиация ЧФ смогли использовать базы в районе Геленджик. В- третьих, с сентября одна из эскадрилий 36-го дальнебомбардировочного полка на самолетах «Бостон» начала действовать в качестве торпедоносной. Если в I квартале по судам противника было сброшено 24 торпеды, во II — семь, то в III — уже 51.
Казалось, что еще более выгодные условия сложились в IV квартале в связи с началом использования аэродрома в Скадовске (Северная Таврия), подлетное время с которого до мыса Тарханкут составляло около 20 минут. В Скадовск с 15 по 28 ноября были перебазированы по одной эскадрилье от 36-го дбап, 40-го бап и 23-го шап. До конца года они произвели 185 самолето-вылетов, что означает, что каждый самолет летал с интенсивностью раз в шесть дней. Такое слабое напряжение, помимо периодов нелетной погоды, объяснялась проблемами, возникшими с доставкой горючего и боезапаса с ближайшей действующей железнодорожной станции, расположенной на удалении 250 км. Это обстоятельство, а также трудности ремонта самолетов в удаленной базе в полевых условиях привели к тому, что от каждой эскадрильи могло вылетать одновременно не более половины машин. Торпедоносцы с кавказских авиабаз совершили в IV квартале 160 самолето-вылетов, но также не смогли добиться сколько-нибудь значимых успехов. Основной проблемой для них, как и раньше, являлось повторное нахождение цели спустя несколько часов после ее обнаружения воздушной разведкой. В результате только 56 самолето-вылетов (35%) завершились применением оружия.