По другой версии, самого Ванникова, более похожей на правду, его упекли в подвал стакнувшиеся на базе принятия на вооружение 107‐мм пушки А.А. Жданов и Г.И. Кулик. Первый – член Комиссии Бюро СНК СССР по военным и военно-морским делам, второй – начальник Главного артиллерийского управления Красной армии. И ладно бы эти двое просто пропихивали эту пушку, в целом неплохую и, в общем, небесполезную в тех условиях. Но они внедряли забытый с Гражданской войны калибр за счёт снятия с вооружения прекрасно зарекомендовавших себя (и как показала история – спасших судьбу страны) пушек калибра 45 и 76 мм. Вот этому решению активно и противился Борис Ванников.
После ареста держали его на Лубянке. Возможно, Лаврентий Берия и хотел что-то с ним сотворить по примеру всех тех исчезнувших в 1930-х годах товарищей, что знали о его работе в азербайджанской контрразведке несколько больше, чем гласила официальная версия об особом задании родной партии. А может быть, наоборот, товарищ Ванников ничего такого про товарища Берию не знал или знал только хорошее, и глава НКВД хотел спасти соратника по бакинскому подполью.
Логика вещей тех времён склоняет, конечно, к первому варианту, но наверняка что-либо сказать трудно. Кроме одного: когда через месяц после начала войны уже точно стало ясно, что отступавшие советские войска оставили в приграничной полосе просто немыслимое количество вооружений на складах, а ещё более немыслимое потеряли в боях и окружениях, товарищ Сталин вспомнил о Ванникове, а тот оказался жив! И ему прямо в тюремную камеру передали просьбу самого вождя подготовить справку о том, что можно сделать в интересах ускоренного производства вооружений и боеприпасов в сложившей обстановке на фронтах. И он по памяти описал все заводы своего наркомата и дал краткие характеристики того, что они могут сделать для резкого подъёма производства.
Прямо из камеры Ванникова доставили в кабинет Сталина, который сказал ему нечто вроде: «Ваша записка – прекрасный документ для работы наркомата вооружения. Мы передадим её для руководства наркому вооружения». Во всяком случае, сам Борис Львович вспоминал об этом именно так [351].
В ходе того же разговора Сталин – редкий случай! – признал свою ошибку: «Вы во многом были правы. Мы ошиблись… А подлецы вас оклеветали».
Внешне забавной, но трагичной по сути была сопутствующая освобождению сцена. Когда И.В. Сталин предложил ещё формально подследственному «не держать обиды» и идти работать на важном посту, тот развёл руками: я ведь, мол, по факту в тюрьме сижу! И дело против меня не прекращено.
Тогда уже вождь пожал плечами и подписал… удостоверение: «Государственный Комитет Обороны удостоверяет, что тов. ВАННИКОВ Борис Львович был временно подвергнут аресту органами НКГБ, как это выяснено теперь, по недоразумению и, что тов. ВАННИКОВ Б.Л. считается в настоящее время полностью реабилитированным».
Таким образом, прошёл Борис Львович через чистилище, память о котором не затмило и награждение в июне 1942 года звездой Героя Социалистического Труда «за исключительно высокие заслуги перед государством в деле организации производства, освоения новых видов артиллерийского и стрелкового вооружения».
Руководителем Первого главного управления при Спецкомитете Ванников был назначен в 1945 году.
Подчинённость структур была схожа с государственной. Спецкомитет изначально был задуман как орган политического руководства Атомным проектом. Своего рода законодатель, некий Верховный Совет Бомбы, если угодно. Или, что вернее, ГКО на данном направлении. А непосредственным руководством новой отраслью должно было заниматься Первое главное управление (ПГУ). То есть стать этаким «правительством» Проекта.
Это было прописано в постановлении ГОКО № 9887сс/оп «О Специальном комитете при ГОКО» от 20 августа 1945 года:
…11. Установить, что Первое Главное Управление при СНК СССР, его предприятия и учреждения, а также работы, выполняемые другими наркоматами и ведомствами для него, контролируются Специальным Комитетом при ГОКО.
Никакие организации, учреждения и лица без особого разрешения ГОКО не имеют права вмешиваться в административно-хозяйственную и оперативную деятельность Первого Главного Управления, его предприятий и учреждений [352].