Продолжение работ по достройке авианосца вновь стимулировало интерес к палубным самолетам. Параллельно с D-4 появился вариант Ju-87E ("Эмиль") со складывающимися крыльями и отстреливаемыми шасси по типу Ju-87C. Он нес стандартный комплект морского оборудования и был предназначен для подвески торпеды LTF5B. Прототипом этого варианта стал серийный Ju-87D-1 с усиленным шасси и узлом подвески торпеды. На нем в испытательном центре морской авиации в Травемюнде и в Рехлине экспериментировали с катапультным стартом и ракетными ускорителями. Самолет обозначали как Ju-87D-l/To или Torpedo. В 1942 г. к этим экспериментам подключили еще несколько D-1 и D-3. В перспективе достройки авианосца последовал заказ на постройку заводом "Везер" в 1943 г. 115 серийных "Эмилей". Но в феврале после Сталинградской катастрофы надежды на достройку "Графа Цеппелина" окончательно рухнули и этот заказ аннулировали.
Как и всякая серийная машина, Ju-87 в процессе постройки модификаций неизбежно тяжелел из-за использования нового оборудования, вооружения, бронирования, более мощного двигателя, повышения запаса топлива и т.д. В результате величина удельной нагрузки на крыло вплотную приблизилась к своему предельному значению. В начале 1943 г. появился вариант Ju-87D-5 с увеличенным до 14,98 м размахом консолей, площадь возросла до 33,8 м2. Незначительное увеличение массы на 110-120 кг существенно снизило нагрузку на крыло и улучшило взлетно-посадочные свойства "штуки". Для повышения огневой мощи крыльевые пулеметы MG17 заменили 20-мм пушками Маузер MG151/20, длинные стволы которых вместе с увеличенным размахом крыльев позволяют легко узнать эту модель. Ее первые серии еще оснащались воздушными тормозами, затем они исчезли – штурмовик окончательно "победил" пикировщика. Вновь, как и на палубных машинах, на D-5 появились отстреливаемые стойки шасси, поскольку участились вынужденные посадки на неровные площадки.
На качалке 500-кг бомба SC500
500-кг бронебойная бомба РС500
Под крылом Ju 87B 50-кг бомбы SC50 со свистками
Подвесной контейнер с пулеметами MG81
В процессе серийной постройки Ju-87D-5 постоянно совершенствовалась конструкция фонаря, призванная улучшить обзор, повысить безопасность и облегчить пилотирование во время рискованных полетов на малой высоте и позже при ночных бомбардировках. Последовал заказ на постройку 1178 Ju-87D-5, из которых завод в Лемвердере сдал люфтваффе 771 машину. Завод в Темпельхофе также строил D-5 до конца лета – начала осени 1944 г., пока не последовал приказ Гитлера прекратить выпуск бомбардировщиков.
Ju-87D-5 был последним пикировщиком, изредка использовавшимся по своему прямому назначению. Разработанный на основе D-5 упрощенный вариант D-6 в серию не пошел.
Большие потери на Восточном фронте заставили люфтваффе перенимать опыт противника. По аналогии с советскими ВВС, где в качестве ночных бомбардировщиков успешно использовались "архаичные" У-2 (По-2НБ) и в начале войны Р-5, немцы стали формировать собственные ночные бомбардировочные части. На вооружение штурмовых подразделений стали поступать FW-190, а уцелевшие в боях "штуки" передавались ночникам. Сразу же выяснилось, что вспышки от выхлопов моторов слепят пилотов и практически не дают возможности в ночной тьме разыскивать и атаковать малоразмерные цели.
В результате самолеты серий D-3 и D-5 с начала 1944 г. стали переоборудовать в "ночников", для чего в Гамбурге по указанию RLM создали фирму "Менибум". Взамен изношенных на самолеты устанавливали модифицированные двигатели Jumo211P с выхлопными патрубками, закрытыми пламегасителями из жаропрочной стали. Эти варианты назывались D-7 ("короткок-рылый", переделанный из D-3) и D-8 ("длиннокрылый" – из D-5). На последнем стволы пушек MG151/20 оснастили коническими надульниками против ослепления. На всех машинах, предназначенных для полков ночных штурмовиков (Nachtsclachtgruppen), вновь усилили бронирование кабины и модернизировали радиооборудование, позволявшее пилотам теперь действовать по командам операторов наземных радаров типа "Freya" (система наведения "Egon"). Большинство из 300 переоборудованных самолетов оснастили радиостанцией FuG16Z, некоторые получили радиополукомпас с петлей антенны впереди мачты радиостанции. На большинстве стоял автоответчик "свой – чужой" FuG25A с антенной в нижней части фюзеляжа. Тормозные решетки сняли.
Весной 1944 г. первые Ju-87D-3 стали поступать на вооружение l./NSGr.9 и 2./NSGr.9, позднее вошедших в состав NSGr.9 (командир – майор Р.Фрост). Первый боевой вылет состоялся в ночь на 3 апреля в районе Неттуно – Анцио. Положительная оценка их действий инициировала создание новых подразделений "ночников", к осени на "штуках" летали уже 6 ночных эскадрилий. По состоянию на 1 ноября 1944 г. ночная штурмовая авиация насчитывала 445 самолетов, в том числе 285 Ju-87D. К 1 января 1945 г. число "штук", как и общее количество ночников, снизилось за счет потерь -404 (248 Ju-87D).