Проект самолета "491" не вышел из стадии технического предложения. Решили пока не рисковать с новым малоизученным сорокапятиградусным крылом из-за прибавки максимальной скорости в несколько десятков километров в час и остановились на сравнительно хорошо изученном и уже проверенном на практике крыле со стреловидностью в 35 градусов.
Впоследствии крыло в 45 градусов ОКБ пыталось использовать в своих первых проектах трансзвуковых и сверхзвуковых самолетов (самолеты "97". " 103", "98" и "105"), но практической реализации такого крыла в ОКБ не было. По рекомендациям ЦАГИ ОКБ сразу перешло на крылья со стреловидностью 55-57 градусов и с таким крылом строило свои первые сверхзвуковые бомбардировщики "98" и "105".
После создания Ил-28 ОКБ С.В.Ильюшина попадает в полосу всеобщего благоприятствования как со стороны руководства страны, так и ВВС. И когда возник вопрос о создании нового скоростного дальнего реактивного бомбардировщика, на фоне срывов ОКБ А.Н.Туполева по семейству Ту-14, ВВС обращается с этим заданием в ОКБ-240 С.В.Ильюшина.
Осенью 1949 года ВВС выдает официальный заказ на новый дальний реактивный бомбардировщик под два ТРД типа АЛ-5 со взлетной тягой 5000 кг. Выходит соответствующее постановление правительства, поручавшее эту работу ОКБ-240. Самолет, получивший обозначение Ил-46, с нормальной полетной массой и бомбовой нагрузкой 3 тонны, сброшенной на половине маршрута, должен был иметь максимальную техническую дальность полета 3000 км. В перегрузочном варианте эта дальность с бомбовой нагрузкой 5000 кг составляла 5000 км.
Учитывая короткий срок, отпущенный на проектирование и постройку опытного образца самолета, отсутствие в ОКБ-240 опыта летной доводки п испытаний тяжелых самолетов со стреловидным крылом (Ил-ЗОтак ни разу в воздух и не поднялся), С.В.Ильюшин принял решение проектировать новую машину в два этапа: на первом этапе с прямым крылом, по проверенной схеме Ил-28, а на втором этапе сосредоточить усилия на стреловидном варианте – Ил-46с.
Опытный Ил-46 с прямым крылом ильюшинцы подготовили к летным испытаниям к марту 1952 года. 3 марта самолет совершает первый полет, без особых осложнений проходит этап заводских испытаний и передается на государственные, на которых он подтверждает заявленные (ЖБ-240 летные данные. Вроде бы все хорошо, самолет можно или запускать в серию, или переходить ко второму – "стрелокрылому" – варианту. Но стреловидный дальний бомбардировщик уже летает, и сделало его, пока ильюшинцы занимались Ил-46, в инициативном порядке ОКБ А.Н.Туполева.
Туполевский "дальник" показывает на заводских испытаниях скорость свыше 1000 км/ч, что значительно выше задания на Ил-46. Вскоре принимается правительственное решение в серию передавать туполевскую машину "88" (Ту-16), а не Ил-46, работы по которому вскоре прекращаются. ОКБ А.Н.Туполева берет реванш за частичную неудачу с Ту-14, построив для страны Ту-16, обогнавший свое время на добрых 5-7 лет.
Передача заказа на дальний скоростной реактивный бомбардировщик в ОКБ С.В.Ильюшина не остановила работы по этой тематике в ОКБ А.Н.Туполева. Работы продолжались в инициативном порядке, ставя цель предложить военным проект самолета с лучшими тактико-техническими данными, чем Ил-46.
Предварительные исследования по поиску оптимальной компоновки будущего самолета проходили в бригаде проектов ОКБ под руководством Б.М.Кондорского, под пристальным вниманием А.Н.Туполева, который уделял этой работе повышенное внимание. В этой бригаде во второй половине 40-х годов собралась команда молодых толковых инженеров, в число которых входили А.А.Туполев, Г.А.Черемухин, Ю.Ю.Юдин, И.Б.Бабин, В.А.Стерлин и др. Со временем многие из них станут или руководителями, или ведущими специалистами ОКБ. По ходу развития проекта к работе подключился Отдел техпроектов С.М.Егера, а затем и все остальные подразделения ОКБ.
Рассказывают, что в период компоновки и увязки агрегатов будущего Ту-16 у А.Н.Туполева каждый рабочий день начинался с прихода в отдел к С.М.Егеру, где он подробно знакомился с состоянием дел по машине, после этого заходил в свой кабинет, а затем направлялся в макетный цех, где делался полноразмерный деревянный макет самолета.