А. Н. Туполев, в это сложное время для судьбы Ту-22, перед каждым полетом приезжал на аэродром, беседовал с экипажем, собирая информацию по раскачке. Генеральный предлагал пока прекратить полеты, а «побегать» по аэродрому, выполнить серию пробежек и прерванных взлетов, но все прекрасно понимали, что выяснить причины можно только в полете и что систему управления самолетом необходимо серьезно дорабатывать. К периоду создания самолета «105А» в ОКБ-156 были предприняты первые попытки создания электронной аналоговой модели системы управления самолета. Системщиками ОКБ был спроектирован и собран элементарный аналоговый стенд-тренажер, позволявший имитировать различные режимы полета самолета «105А». На этом стенде перед первым вылетом «105А» провел несколько «полетов» Ю. Т. Алашеев. Доработки системы управления шли на основании информации, получаемой в полетах, и на основании исследований на стенде.
Шел очередной разбор состоявшегося полета самолета №201. На разборе, кроме А. Н. Туполева, присутствовали его заместитель А. А. Архангельский и Главный конструктор по Ту-22 Д. С. Марков.
Как обычно, были заслушаны доклады членов экипажа, А. Н. Туполев интересовался скоростью отрыва самолета, поведением его после взлета, при наборе высоты, при разворотах. Когда все эти данные были доложены, Андрей Николаевич обратился к командиру корабля летчику-испытателю В. Ф. Ковалеву с неожиданным предложением: «Ну, вот что, давай полетаем! Садись напротив меня, поставь локоть на стол, возьми мою ладонь в свою, закрой глаза и представь, что моя рука – это штурвал самолета. Даешь газ, штурман, говори скорость, как на взлете, а ты, Валентин, передавай на мою руку усилия, которые чувствуешь на разных этапах полета».
A. Н. Туполев и В. Ф. Ковалев достаточно долго занимались подобным армреслингом, после чего Генеральный принимает решение по конкретной доработке самолета. Объем доработок был достаточно большой, в результате машина простояла на доработках до середины ноября. 17 ноября 1960 г. самолет В. Ф. Ковалева после комплекса доработок ушел в испытательный полет. Раскачка пропала. После короткого полета в зоне, где были выполнены необходимые эволюции по проверке устойчивости и управляемости самолета, экипаж возвращался на аэродром ЛИИ. С КПП предложили идти на посадку, но В. Ф. Ковалев попросил землю разрешение выполнить еще один проход над полосой на большой скорости. Самолет, выполнив круг, пошел на посадку, заходя на посадочную полосу. Машина шла на высоте 400-500 м со стороны аэродрома Быково, впереди был виден крутой берег Москвы-реки. Шасси выпущено, обороты двигателя убраны, самолет планирует, впереди полоса аэродрома. Внезапный рывок насторожил экипаж, с сопровождавшего Ту-22 истребителя МиГ-17 летчик ЛИИ М. Киржаев по радио сообщил на борт: «Из левого двигателя пламя и черный дым». В. Ф. Ковалев выключил двигатель, угол планирования увеличился, самолет до полосы явно не дотягивал, высота 300 м, впереди – берег Москвы-реки.