Очень ответственным был выбор момента пуска ЗУР. При пуске вблизи дальней границы зоны поражения американский самолет мог развернуться и благополучно уйти. При опоздании с пуском ракеты – самолет включал форсаж и успевал проскочить в «мертвую» зону, за ближнюю границу зоны поражения. В результате, наиболее целесообразным был признан выход в эфир излучением СНР при удалении цели около 40 км от ЗРК.
Помимо мер радиоэлектронной борьбы американцы широко применяли и огневое противодействие. Позиции ЗРК подверглись 685 ударами авиации. Чуть меньше половины из них производилась ракетами «Шрайк», остальные – бомбами. В 1966 г. осколками была повреждена 61 ракета, в 1967 г. – 90 ракет, из которых удалось восстановить не более половины. Всего же за годы войны, ЗРК выводились из строя 241 раз – каждый дивизион выводился из строя примерно один раз в год. Позиции менялись в среднем 10-12 раз в год, а в период наиболее напряженных боевых действий через 2-4 дня. В результате действий американской авиации из 95 поставленных Советским Союзом зенитных ракетных комплексов к 1973 г. в строю осталось 39 боевых ЗРК и 4 в учебных центрах.
В этих условиях основным и практически единственно возможным методом борьбы с самолетами стали засады. Дивизионы скрытно уходили в джунгли, разворачивались на заранее подготовленных позициях и замирали. Вопреки наставлениям, предписывающим одновременное наведение на самолет 2-3 ЗУР, бездорожье и отсутствие мостов, как правило, не позволяли ЗРК «кочевать» с полным боекомплектом, предопределяя то, что более половины целей обстреливались двумя ракетами, 6% тремя, а остальные приходилось обстреливать одной ЗУР. Каждый дивизион прикрывался 2-3 батареями 37-мм зенитных автоматов.
После развертывания ЗРК на новом месте в течение нескольких дней изучалась воздушная обстановка, районы полетов авиации, готовились данные, и лишь после этого производилась стрельба. Дальше все решали минуты. Если после пуска ракет в течение сорока минут дивизион не покидал район, то шансов уцелеть практически не оставалось. В связи с этим наибольшую эффективность приносила тактика, когда самолеты обстреливались за несколько часов до наступления темноты, в результате чего информацией о месте нахождения ЗРК американцы уже не успевали воспользоваться, а на рассвете удары по обнаруженным позициям уже не достигали своей цели.
В целом, в 1966 г. расход ракет на поражение одной цели возрос почти на порядок, достигнув по оценке советских специалистов 12-15 ЗУР на сбитый самолет. Основными причинами снижения эффективности стали трех-четырехкратное увеличение ошибок наведения при ручном сопровождении цели, единственно действенном в условиях применения мощных активных помех, ухудшение точности наведения на маловысотные цели при использовании режима наведения с боковым расположением метки цели на угломестном экране. Находившийся в 1967-1968 гг. во Вьетнаме командир полка Юрий Бошняк называл еще одну причину снижения эффективности стрельбы – большое количество падений ракет в случае их несамоликвидации или в случае незахвата, что приводило даже к людским жертвам.
Иногда падения ракет были вызваны и «нештатной» модернизацией ракет, выполнявшейся самими вьетнамцами. Получил известность случай, когда для увеличения дальности действия ракеты у нее была отключена система самоликвидации. В результате, будучи запущенной по постановщику помех F-105, она пролетела около 140 км и упала рядом с одним из вьетнамских домов, вызвав значительные разрушения.
Находившимися во Вьетнаме советскими специалистами отмечались и другие субъективные факторы, снижавшие эффективность использования ЗРК. В их числе небрежное отношение к документации, нарушения инструкций по эксплуатации, повреждения на дорогах при столкновениях. Так, за 1966 г. из-за неправильной эксплуатации было повреждено 154 ракеты, в 1967 г. – 29, но практически все ракеты силами советских и вьетнамских специалистов удалось восстановить. Постоянно терялись заглушки, устанавливавшиеся на трубке приемника воздушного давления, что приводило к попаданию внутрь влаги и пыли, и как следствие, к отказу ракеты в полете.
Значительное снижение эффективности действия СА-75 вызвало серьезное беспокойство в СССР. Осенью 1966 г. во Вьетнам приехала большая делегация военных и специалистов во главе с Главкомом войск ПВО П.Ф. Батицким. Вскоре в СССР было срочном порядке выполнено шесть опытно-конструкторских работ по совершенствованию ЗРК. В процессе выполненных доработок удалось уменьшить нижнюю границу зоны поражения до 300 м, снизить минимальную дальность поражения целей до 5 км, доработать СНР для обеспечения живучести при использовании противником ракет «Шрайк». ЗУР была оснащена новой БЧ с более широким полем разлета осколков, ставшей менее эффективной в полигонных условиях, но более пригодной в случае использования противником помех и интенсивных маневров. Удалось сократить до 30 с время реакции ЗРК.