Подготовка экипажей велась весьма интенсивно. В среднем налет составлял 70-80 часов в год, у инструкторов -свыше 110, а в середине 60-х гг. эти показатели были еще выше. В бомбардировочных соединениях отрабатывались действия в групповых боевых порядках до дивизии включительно; взлет в сокращенное время, при котором самолеты могли стартовать в обоих направлениях полосы с минимальными интервалами, а на ВПП одновременно находилось до восьми машин; действия в любых погодных условиях и любое время суток; элементы рассредоточения с перебазированием на авиабазы родственных частей и грунтовые аэродромы. Изначально основным способом боевого применения считалось высотное бомбометание (эшелон 12000 м) с прицеливанием с помощью РЛС или ОПБ-115/116. При таких действиях экипажи добивались очень высоких результатов. Однако существенным недостатком бомбардировщика была незначительная дальность полета на сверхзвуковой скорости, а ведь именно на ней предполагалось преодолевать ПВО противника. Обратимся еще раз к воспоминаниям заслуженного летчика-испытателя СССР В.В.Добровольского. "При отработке боевого применения в Ахту-бинске мы обычно набирали 12000 м в сторону озера Сарп, затем разворачивались в сторону аэродрома, а за ним был полигон "цель 212", выходили на сверхзвук и бросали бомбу. (Бомбы -разные, Юра Сухов на показе и трехтонку бросал.) Когда штурман производит сброс, ты находишься совсем недалеко от аэродрома. Энергично разворачиваешься в его сторону, двигатели -на малый газ, скорость снижения 100-120 м/с и садишься с небольшим остатком топлива. Так что я считаю Як-28 в целом совсем неплохим самолетом, однако на сверхзвуке на нем можно бомбить район своего аэродрома или, во всяком случае, цели, находящиеся от него очень недалеко".
Як-28Р обладал неоспоримыми преимуществами перед другим фронтовым разведчиком МиГ-21Р. Яковлевская машина имела значительно большую дальность, большие возможности оборудования, а наличие экипажа из двух человек позволяло значительно эффективней вести визуальный поиск целей, который являлся важнейшей формой боевой работы. Целевое оборудование Як-28ПП, хоть и было весьма громоздким и тяжелым, позволяло успешно выполнять поставленные задачи до последних лет эксплуатации. В середине 80-х гг. Яки по надежности, а в итоге и по боевой эффективности, значительно превосходили Су-24МП с их все еще недоведенным комплексом.
Опыт войн во Вьетнаме и на Ближнем Востоке показал высокую уязвимость от огня ЗРК самолетов, следовавших на больших и средних высотах. По этой причине в тактику авиации прочно вошли полеты на малых и предельно малых высотах. Стали они обязательными и в советских ВВС. Летчики Як-28 после соответствующей подготовки чувствовали себя у земли весьма уверенно - при соблюдении ограничения в 900 км/ч самолет хорошо пилотировался. А вот работа штурманов значительно усложнилась. Никакого прицельно-навигационного оборудования для действий на малых высотах на Яке не было, и бомбометание проводилось, что называется, "по лаптю". Еще труднее приходилось штурманам самолетов-разведчиков. Обзор из их кабины оказался недостаточным для визуального обнаружения целей при полетах у земли. Поэтому как только кому-либо из членов экипажа удавалось зацепиться взглядом за какой-то характерный признак объекта, летчик тут же переводил самолет в набор и закладывал вираж с креном до 80° в сторону цели, чтобы позволить штурману рассмотреть ее через боковое остекление. Фотографирование выполнялось на повторном заходе. Длиннофокусные фотоаппараты для таких действий оказались практически бесполезными, перспективными Як-28Р не оснащался, и основной камерой стал АФА-42/20, изначально предназначенный для топографической съемки.
Летная работа не даром считается связанной с повышенным риском. Сколько в истории авиации примеров, когда за свои или чужие ошибки экипажам приходилось платить очень дорого. Вот два примера из жизни 39-го ОРАП. 19 января 1977 г. экипаж Як-28Р в составе л-тов С.Малахова и Агеева выполнял один из первых своих вылетов в боевом полку. Уже в завершающей стадии полета видимость снизилась до 5-6 км. Молодой летчик был не готов к работе в таких условиях, начал ошибаться и при заходе на посадку забыл выпустить закрылки. Руководитель полетов, видевший, что Як идет выше нормальной глиссады и с большой скоростью, приказал уходить на второй круг, но Малахов приземлил машину. Самолет коснулся ВПП с большим перелетом, всего за 500 м до края, со скоростью 420-430 км/ч. Шасси выдержало. Парашют выпустился, но оборвался. Як-28Р сошел на грунт и продолжил движение в направлении кирпичного домика ближнего привода.
ЯК-28ПП из 118-го ОАПРЭБ ВВС Украины. Чертков, 1992 г.