«1. Ввиду того, что металлический самолет Як-3 с ВК-107А не прошел гос. испытания и не допускает установку крупнокалиберных мотор-пушек калибром свыше 20 мм, производство этих самолетов прекратить.
2. Обязать МАП:
а) выпустить в 1946 г. из имеющегося задела 75 самолетов Як-3 с ВК-107А, устранив на этих самолетах дефекты, согласно приложению, а Командующему ВВС Вершинину принять эти самолеты.
б) на освободившихся мощностях завода 31 организовать производство металлических крыльев для самолетов Як-3 с ВК-105ПФ2 и изготовить этих крыльев до конца 1946 г 300 комплектов».
Тбилисскому авиазаводу была оказана техническая помощь, однако с заданием он не справился. Хотя к концу 1945 г. все 75 самолетов были представлены к сдаче, ни один из них не был принят заказчиком. Часть машин и вовсе числилась комплектами агрегатов.
Самолет Як-3 ВК-107А № 70-03 был доработан в Тбилиси под руководством ведущего инженера ОКБ-115 К.А. Скржинского и начальника отдела прочности ОКБ С.Я. Макарова. На нем поставили мотор с новым регулятором наддува и дополнительной маслопомпой, улучшили радиаторы, уменьшили запас топлива с 350 до 320 кг, а масла – с 40 до 32 кг, облегчили и улучшили управление и притяг створок шасси. На самолете установили моторную и одну синхронную пушки Б-20.
Первый полет на цельнометаллическом Як-3 выполнил 14 апреля 1945 г. летчик В.Г. Иванов. Заводские испытания завершились 10 мая, а Госиспытания в НИИ ВВС самолет безуспешно проходил с 25 мая по 9 июня. Летчик Антипов выявил лишь несущественное снижение летных данных по сравнению с опытным самолетом с крылом с деревянной обшивкой, но многие недостатки оставались. Мотор вибрировал при сбросе газа на большой высоте, плохое охлаждение вынуждало при длительном использовании «максимала» держать створки радиаторов полностью открытыми, поток продолжал «отсасывать» створки шасси. Недобор летных данных списали на неопытность коллектива завода № 31 при работе с металлом. Эту проблему можно было решить только путем приобретения практического опыта, и было решено запустить цельнометаллический Як-3 в ограниченное серийное производство.
До конца 1945 г. завод № 31 построил 40 таких Як-3 и еще 8 – в следующем году, но заказчик принял первую машину лишь в IV квартале 1945 г., а последнюю – в III квартале следующего. Дальше Як-3 ВК-107А строить не стали. Все-таки для этого мотора оказались более подходящими самолеты Як-9У/П, которые имели несколько другую центровку и более прочный планер. Они и пошли с ним в серию.
Вся логика развития семейства истребителей Яковлева в годы Отечественной войны основывалась на совершенствовании моторов жидкостного охлаждения конструкции Климова. Попытка установки на Як-7 альтернативного звездообразного мотора М-82А, предпринятая на рубеже 1942 г., уперлась в недоведенность изделия КБ-19 Швецова, и эта возможность была упущена. Между тем, С.А. Лавочкин подхватил идею, создав весьма удачные истребители Ла-5 и Ла-7, затем он работал над цельнометаллическим «126», из которого вырос Ла-9. Сам АШ-82 был форсирован, получил систему непосредственного впрыска топлива, объединенное гидравлическое управление газом и шагом винта, а его надежность и ресурс были уже не хуже, чем у ВК-105ПФ, и Яковлев решил сделать модификацию Як-3 с двигателем Швецова.
Этот мотор развивал 1850 л.с. на взлете, 1630 л.с. на высоте 1650 м и 1460 л.с. на 4650 м, но был тяжелее и крупнее ВК-105ПФ2, расход топлива увеличился, и пришлось баки сделать больше. Значительным переделкам подвергся фюзеляж, особенно в носовой части. Чтобы компенсировать рост веса и смещение центра масс, крыло сдвинули вперед, сделали новое цельнометаллическое оперение, заменили стальные тяги руля высоты дюралевыми. Крыло увеличили с тем, чтобы не допустить потери маневренных качеств. Вооружение составили 2 пушки Б-20С (по 120 снарядов на ствол). Среди общих улучшений был более плотный притяг створок шасси и замена на шарикоподшипники быстро изнашивавшихся втулок в тягах управления. Проектирование модификации возглавлял ведущий конструктор В.В. Барсуков.