Необходимо отметить, что Баранову и его штабу не удалось полностью «переформатировать» авиачасти УНР, и в них служило немало «симпатиков» большевиков. Так, в январе 1918 г. одним из центров поднятого большевиками в Киеве восстания стал 3-й авиапарк. Обеспокоенный судьбою авиационного имущества, которое могло пострадать при подавлении восстания, Баранов 21 января обратился с воззванием «До усіх Українськіх Війск»: «Прохаю усі українські частини, котрі мають робити труси [обыски, – В.М.], арести і т. іньше у третьему авіаційному парку, не чого не діяти без відомости командіра або комиссара парку. Усе майно що належить до парку мусить бути охоронене від розбою і бешкету».
26 января большевики взяли Киев. Судьба Баранова в течение следующих трех месяцев покрыта туманом. Упомянутый выше Петр Билон в мемуарах (Питтсбург, 1952) утверждал, что начальник авиации вместе со всеми штабистами остался в столице и нигде не показывался, дабы избежать красного террора (что не удивительно, ведь большевики за три недели властвования в Киеве истребили, по различным сведениям, от 2 до 6 тысяч офицеров). Однако, по словам самого Баранова, еще в ночь на 25 января, когда город интенсивно обстреливала артиллерия Муравьева, он с несколькими преданными офицерами, уничтожив значительную часть документов штаба украинской авиации, с фальшивыми удостоверениями личности отправился в… Москву! Там, скрываясь под видом сапожного подмастерья, Баранов вел подпольную антибольшевистскую агитацию среди летчиков.
Весной 1918 г. после заключения Брестского мира немецко-австрийские и украинские войска, вытесняя большевиков, заняли Украину. В конце апреля в Киеве вследствие переворота к власти пришел Гетман Павел Скоропадский, провозгласивший Украинскую Державу. Вскоре Баранов снова «всплыл» в Киеве. 12 мая он участвовал в «первом банкете украинской авиации», проходившем в ресторане фешенебельной гостиницы «Континенталь» (ныне здание Национальной музыкальной академии Украины им. П.И. Чайковского). Главным действующим лицом этих дружеских «посиделок» был сам Баранов, якобы вернувшийся из плена, что является косвенным подтверждением его пребывания в Советской России. За одним столом собрались представители украинского, германского и австро-венгерского авиационного командования. Посообщению киевской газеты «Відродження» (№ 37, 14 мая 1918 г.) «бенкет… скінчився далеко за північ. Колишні вороги за спільною трапезою згадували минулі бої – було весело, грали застольні пісні…».
В гетманской армии Баранов числился в звании войскового старшины, что соответствовало подполковнику царской армии, хотя в некоторых документах его называли полковником. Спустя несколько дней после банкета, Вячеслава Григорьевича назначили инспектором авиации Киевского района. В его распоряжении оказались значительные запасы авиаимущества, что позволяло рассчитывать на продолжение «секретной миссии» даже с большим успехом, чем на посту главкома авиации.
В мае в Киев приехали представители Всевеликого Войска Донского (ВВД) – самопровозглашенной казачьей республики, возглавляемой Атаманом Петром Красновым. Они просили у Украинской Державы помощи в войне с большевиками. Баранов наладил с посланцами контакт и 2-5 июля отправил с Поста-Волынского первый состав из 24 вагонов, груженных авиационным добром, адресованный якобы Харьковскому авиадивизиону гетманской армии. Чтобы лично проконтролировать прибытие поезда в Новочеркасск, он с 3 по 30 июля взял отпуск и выехал впереди него из Киева.