Требования к Kampfzerstorer были разосланы фирмам: Dornier, Heinkel, AGO, Gotha, Bayerische Flugzeugwerke (BFW), Focke-Wulf и Henschel. В конечном итоге участниками конкурса остались три последние компании, самолеты которых получили обозначения «Мессершмитт» Bf 110, «Фокке-Вульф» Fw 57 и «Хеншель» Hs 124. В соответствии с подписанными контрактами каждая фирма должна была изготовить 3 прототипа и 5 предсерийных машин.
Все три разработчика представили макеты своих изделий точно к сроку – в феврале 1935 г. Их осмотрела комиссия рейхсминистерства авиации, итоги работы которой подтвердили сомнения скептиков – был сделан вывод о невозможности совмещения в одном самолете качеств истребителя и бомбардировщика при соблюдении приемлемых летных характеристик. В итоге в программу пришлось внести существенные коррективы. Вместо единого Kampfzerstorer'a была инициирована разработка самолетов двух классов. Один из них – скоростной бомбардировщик (Schnellbomber), которым в будущем стал «Юнкере» Ju 88. А уже начатые проектированием Bf 110, Fw 57 и Hs 124 должны были создаваться как чистые истребители. Но если одномоторные истребители в люфтваффе именовались Jagdflugzeug (буквально – самолет-охотник), то для двухмоторных машин был введен класс Zerstorer (разрушитель). Здесь вполне очевидна аналогия с военно-морской классификацией: Zerstorer (в Британском флоте – Destroyer, а у нас – эсминец), предназначался для охранения главных сил флота и поражения вражеских кораблей. Летающий «церштерер» должен был выполнять аналогичные функции – охранять собственные бомбардировщики и бороться с вражескими самолетами.
Координировал разработку «воздушного эсминца» статс- секретарь рейхсминистерства авиации Эрхард Мильх (Erhard Milch), который настоял, чтобы все три самолета максимально отличались друг от друга по основным техническим решениям. В результате Fw 57 получился очень большим – размах крыла составлял 25 м (для сравнения: у бомбардировщика Не 111 – 23 м), а весил пустой «Фокке-Вульф» столько же, сколько Не 111с бомбовой нагрузкой. В ходе летных испытаний прототип Fw 57 показал себя весьма неуклюжей машиной. Неудовлетворительными оказались летные характеристики Hs 124. Таким образом, победителем конкурса стал Bf 110.
Непосредственно за проектирование Bf 110 отвечал Вальтер Ретель (Walther Rethel), а общее руководство осуществлял Вилли Мессершмитт (Willi Messerschmitt). Еще при работе над Kampfzerstorer они решили отказаться от внутреннего бомбоотсека, благодаря чему фюзеляж Bf 110 имел довольно небольшую площадь поперечного сечения. В технологическом отношении он весьма походил на одномоторный Bf 109. Так, его хвостовая часть собиралась из двух половин монококовой конструкции. По сравнению с полумонококом фюзеляж получился более тяжелым, но это окупалось простотой изготовления, особенно важной при массовом производстве, и легкостью монтажа внутреннего оборудования, выполняемого до сочленения половин.
Крыло имело развитую механизацию: автоматические предкрылки Handley Page, щелевые закрылки с гидроприводом и щелевые элероны. Хвостовое оперение – двухкилевое. Первоначально самолет проектировался как трехместный: пилот, за ним – штурман-радист и далее – бортстрелок. Кабина экипажа закрывалась длинным фонарем. После отказа от концепции Kampfzerstorer экипаж сократили до двух человек – пилота и стрелка-радиста. Стрелок располагал одним подвижным пулеметом, основное же вооружение монтировалось на лафете в носовой части фюзеляжа. Проект предусматривал применение новых двигателей Daimler-Benz DB 600А мощностью 910 л.с., но ввиду их неготовности первые два прототипа получили менее мощные Jumo 210В (675 л.с.).
Прототип Bf 110V1 (Wr.Nr. 868, гражданская регистрация D-AHOA) впервые взлетел 12 мая 1936 г. с заводского аэродрома в Аугсбурге. За штурвалом машины сидел шеф-пилот фирмы ВFW доктор Герман Вюрстер (Hermann Wiirster). Впоследствии он так описывал первый полет «церштерера»: «На аэродроме присутствовали профессор Мессершмитт, директор Хентцен и много других лиц из руководства фирмы. Я выполнил несколько пробежек для проверки управляемости машины на земле. Взлет прошел идеально… Набрав для безопасности высоту около 2000 м, я проверил реакцию машины на отклонение элеронов и совершил несколько эволюции, чтобы составить представление об управляемости самолета… Самолет показал хорошую управляемость и устойчивость по всем трем осям. Посадка также не представляла никакой сложности… Профессора Мессершмитта я заверил, что, по моему мнению, в ходе дальнейших испытаний 110-го не возникнет существенных трудностей».