В истории «Фантома» было несколько интересных малосерийных и экспериментальных самолетов различного назначения. Толчком для создания одного из них стало обращение руководства Израиля к Госдепартаменту США с просьбой продать аэрофотоаппарат HIAC-1. Сначала американцы отказывали, но когда весной 1971 г. в Египте появились советские МиГ-25Р и стали совершать над Израилем безнаказанные разведполеты, Госдеп согласился. Однако израильтяне не хотели использовать HIAC-1 в штатном контейнере, который превращал «Фантом» в неповоротливую и тихоходную мишень. Они желали получить неуязвимый самолет-разведчик наподобие МиГ-25. Для этого следовало серьезно поработать над конструкцией и силовой установкой F-4E. Будущий разведчик получил обозначение F-4X, а программа по его созданию – условное название Peace Jack. Научно-техническое сопровождение проекта осуществляла фирма General Dynamics.
АФА решили установить в удлиненной носовой части самолета. Чтобы увеличить скорость полета, форсировали тягу ТРД за счет впрыска в компрессор дистиллированной воды, для которой вдоль верхней части фюзеляжа разместили два больших конформных бака емкостью по 9463 л каждый. Расчетные характеристики «Фантома» с такой силовой установкой превзошли все ожидания. При постоянном впрыске воды он мог лететь с крейсерской скоростью 2,7М, а максимальная могла превысить 3,2М. Возникавший на таких скоростях аэродинамический нагрев обшивки требовал использования специальных сплавов на основе стали или титана. Израиль подобными технологиями не располагал, а американцы делиться ими не спешили. Ведь на F-4X сохранили радар AN/APQ-120 и возможность применять ракеты Sparrow, а по скорости он практически догнал SR-71 и мог представлять для него потенциальную угрозу. После долгих и безуспешных переговоров проект Peace Jack закрыли.
Более успешным оказался следующий проект израильского разведчика – RF-4E(S). На нем также стоял HIAC-1, но на этот раз РЛС сняли. Кроме HIAC-1, самолет оборудовали перспективным АФА и системой передачи разведданных. Всего в США сделали 3 таких самолета, первый из которых поднялся в воздух 20 ноября 1975 г. После прибытия машин в Израиль их перекрасили. Для маскировки носовые конусы сделали черными, имитируя окраску обычных F-4E. Подробности боевого применения этих машин до сих пор не разглашены, хотя они уже сняты с вооружения. Один самолет (№ 69-7576) можно увидеть в музее ВВС Израиля.
Еще один вариант «Фантома» появился в результате работ по улучшению его устойчивости и управляемости. Во время войны во Вьетнаме летчики стали жаловаться, что «Фантом» подвержен более раннему сваливанию, чем те истребители, на которых они ранее летали. Наработанные рефлексы играли против пилотов, они часто перетягивали ручку управления, выходили на режимы сваливания и попадали в штопор. Во время выполнения глубоких виражей и форсированных разворотов большая площадь киля «Фантома» приводила к появлению «зарывания», когда самолет переходил в нисходящую спираль. Летчики пытались сохранить траекторию путем взятия ручки на себя и дачи внешней педали, но крен при этом не уменьшали, что опять же вызывало сваливание. Положение усугублялось тем, что «Фантом» практически не предупреждал летчика о выходе на критический режим. Срыву предшествовал лишь небольшой бафтинг, после чего самолет легко переходил в штопор, выйти из которого было очень трудно.
Улучшить ситуацию можно было, установив на борт систему предупреждения о выходе на критические режимы либо применив электродистанционную систему управления (ЭДСУ), вычислители которой будут автоматически следить за соблюдением летных ограничений. Оба пути реализовывали одновременно, но последний вариант казался более привлекательным, ведь он позволял пилоту полностью сосредоточиться на ведении воздушного боя и не отвлекаться на изучение показаний соответствующих приборов.