21 мая 1988 г. в соответствии с директивой Генштаба от 13.05.88 г. и телеграммой ЗАО штаба ВВС40-Й армии № 8/1451/ 48 от 14.05.88 г. прошла ротация личного состава 3-й эскадрильи. На «вахту» заступили 16 летчиков и 46 специалистов ИАС из 90-го ОШАП. В то время эскадрилья находилась на аэродроме Кандагар, затем ее перебросили в Кундуз, а с 7 августа весь полк базировался в Ваграме. Надо отметить, что передислокация части сил (чуть ли не по-звенно) на аэродромы Кабул, Шиндад и Кундуз была рядовым явлением для летчиков-штурмовиков. Во время одной из таких командировок и произошла самая масштабная за всю историю афганской войны потеря матчасти — 24 июня в Кабуле сгорели сразу девять Су-25. Один из летчиков вспоминал: «Был обстрел конкретно «грачей», которые сильно достали духов ... Десятку накрыли, и самолеты с боезапасом начали гореть. К двум крайним подбежали ребята. Но среди них оказался всего один летчик — штурман полка Симченко. Он вскочил в самолет, запустил двигатель и отрулил подальше от горящей группы. В другой самолет заскочил техник по вооружению, он также решился запустить двигатель и отрулить. Но он запустил левый двигатель, а управление механизмом разворота колеса стояло на «правый». Парень не сориентировался и, дав обороты, прямиком въехал в горевший самолет. Пришлось ему выключить двигатель и выскочить из кабины... Поэтому и сгорело девять». Командование полка, крайне не заинтересованное в негативной реакции вышестоящих штабов, предприняло ряд действий в плане освидетельствования повреждений, и в итоге в сводки попали только восемь сгоревших машин. Тем более, что 20 июня в Кандагаре уже сгорел один самолет. Во время обстрела снаряд упал между двумя Су-25, стоявшими в обваловке, при этом погиб часовой. Один штурмовик загорелся, а разлет висевших под крылом шести крупнокалиберных НАР С-24 длился около 40 минут. Второй был посечен осколками, но после ремонта введен в строй.
Летом 1988 г. в Афганистан на должность заместителя командующего авиацией 40-й армии прибыл п-к Александр Руцкой, в то время уже ставший поистине легендарной личностью среди штурмовиков. Он командовал штурмовым полком в 1985 г., дважды горел в воздухе, был сбит в начале апреля 1986 г. и чудом вернулся в строй.
В августе началась очередная операция по зачистке территории вокруг Кабула. Впервые летчики полка стали применять управляемые по лазерному лучу ракеты Х-25Л, которые наводились не с помощью бортового целеуказателя «Клен», а с земли с использованием аппаратуры боевой машины авианаводчика (БОМАН) на базе БТР-80. Это позволяло не входить в зону ПВО противника, а также упрощало прицеливание, т.к. в результате подсветки с небольшого расстояния и неподвижной платформы цель обозначалась абсолютно точно.
Однако, как со всем новым, сначала с системой не заладилось. Так, если цель подсвечивали под относительно большим углом, например, расположенный в скале вход в пещеру, то отражение сигнала было очень хорошим, и проблем не возникало. Но если цель лежала на поверхности земли, да еще и была покрыта травой, то луч падал на нее под очень маленьким углом, пятно рассеивалось, отраженный сигнал получался слабым, и ракета объект не захватывала. Как вспоминал один из лучших летчиков полка Сергей Пашко: «Потом, когда разобрались инженеры из Липецка, пошла боевая работа. Эффективность управляемого оружия стала очень большой. Вспоминаю один из вылетов в район Гардеза. Оператор с земли говорит: «Давайте вы сначала одну пустите, мы подкорректируем, а потом пустите вторую». Сначала зашел летчик 1-й эскадрильи Кукушкин, пустил одну ракету. Ему с земли: «Что-то низко легла, я сейчас подниму метра на два». Это было сказано в эфире, и когда мы вернулись, летчики говорят: «А с чего вы там работали, что с такой высоты на метр-два корректируете?».
Примерно в то же время в составе полка стал совершать боевые вылеты и Руцкой. В районе пакистанской границы его сбили второй раз. Этот эпизод оброс многочисленными легендами и фантастическими подробностями, которые множились по мере развития политической карьеры Руцкого, и со временем отличить истинную правду от несколько приукрашенной стало практически невозможно Вот как кратко рассказывал сам Руцкой: «Разведка донесла, что за мной идет охота. И вот 4 августа 1988 г. вновь в районе Хоста истребителями F-16 я был сбит и ветром занесен на территорию Пакистана. Пять дней отстреливался, уходил от преследования, преодолел 28 км. Снова был ранен. Потом контузия, плен (Пешевар, Исламабад, предложение уехать в Канаду). В плену — полтора месяца, потом обменяли. Весил тогда 48 кг». Автору удалось пообщаться с Андреем Кудрявцевым — ведомым Руцкого, непосредственно принимавшим участие в том вылете. Его рассказ во многом расходится с «канонической версией» Руцкого.