В целях выполнения поставленных задач, командующий флотилией А. П. Александров, начальник штаба капитан 2 ранга И. А. Фроликов, начальник оперативного отдела капитан-лейтенант А. В. Загребин, начальник разведки капитан-лейтенант В. С. Бархоткин, флагманский артиллерист старший лейтенант А. А. Бахмутов, флагманский минер капитан 3 ранга В. М. Дубовов и другие офицеры штаба налаживали боевое управление силами флотилии, их подготовку к боевым действиям на Азовском морском театре.
Во второй половине августа, тесня войска Юго-Западного и Южного фронтов, противник вышел к Запорожью и Днепропетровску. Перед угрозой вражеского вторжения оказался Донбасс. В этих условиях нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов приказал сформировать Отдельный Донской отряд (ОДО), В него вошли дивизион речных канонерских лодок — «Кренкель», «Октябрь», «Ростов-Дон», «Серафимович» и дивизион речных сторожевых катеров (8 единиц). Отряд базировался в портах Азова и Ростова, маневренные — базы Калач, Каменская и Цимлянская. Командиром отряда был назначен капитан 1 ранга С. Ф. Белоусов. Охрана устьевой части Дона возлагалась на отряды водного заграждения, сформированные в Москве, на Волге и приданные Северо-Кавказскому военному округу.
Начало боевых действий
В начале сентября часть 1-й танковой группы из района Днепропетровска и 11-я немецкая армия с каховского плацдарма перешли в наступление, рассчитывая с ходу прорваться в Крым. Но у Перекопа и Геническа передовые части противника встретили упорное сопротивление только что сформированной 51-й армии, взаимодействовавшей с авиацией и отдельными батареями Черноморского флота, а также с Азовской военной флотилией. Несколько ее кораблей и плавучая база № 127 с 16 по 24 сентября повседневно поддерживали огнем наши части в районе Геническа, оз. Молочного, на Арабатской Стрелке. 26 сентября катер-тральщик «Войков» (командир капитан-лейтенант А. Я. Беззубый) в районе Кирилловки уничтожил 2 мотобота, а вблизи косы Бирючий Остров захватил 4 шхуны неприятеля.
В эти и последующие дни боевые действия в северо-запад-поп части Азовского моря вели также экипажи канлодок «Дон», «Рион» и № 4; сторожевых кораблей-тральщиков «Перванш», «Штурман»; катеров-тральщиков «Туапсе», «Циклон» и «Ураган». Непосредственное руководство этой группой кораблей осуществлял командующий флотилией А. П. Александров. Уверенно действовали командир дивизиона сторожевых кораблей-тральщиков капитан 2 ранга В. С. Грозный, командиры канлодок лейтенанты П. Я. Кузьмин и Л. А. Скрипник. Бесстрашие и самоотверженность проявили многие другие офицеры, старшины и матросы.
Корабли флотилии обеспечивали отход вдоль северных берегов Азовского моря войск 9-й армии, эвакуацию рыболовного флота и имущества предприятий из Осипенко и Мариуполя, продолжали содействовать советским войскам в районе Арабатской Стрелки.
Решая задачу обеспечения морских коммуникации, корабли флотилии в период оборонительных действий с 20 сентября по 10 октября 1941 года из портов Осипенко, Мариуполь, Таганрог вывезли более четверти миллиона тонн грузов, г. том числе около 50 тысяч тонн зерна, более 100 тысяч тонн руды и угля, 30 тысяч тонн нефтепродуктов, промышленного оборудования и др.
6 октября авиация противника вела воздушную разведку в районах Керчи и Феодосии, бомбила Мариуполь, сбросила 2 мины на внешнем рейде Севастополя. При отражении налета на Мариуполь отличилась 87-я истребительная эскадрилья АВФ. Ее командир капитан И. Г. Агафонов на самолете «ИЛ-15» сбил два «Ю-88» и два «МЕ-110». Через два дня немцы повторили налет на Мариуполь. На этот раз советскими истребителями было сбито 6 неприятельских самолетов.
Однако, несмотря на значительные потери в живой силе и технике, гитлеровцы 8 октября захватили Мариуполь. Перед уходом нашими частями были взорваны заводы Азовсталь, Коксохим, ряд портовых сооружений. Но в порту остались 2000-тонный док, парусник «Товарищ», корпус тральщика «Труд», 3 баржи, свыше 3 тысяч тонн хлеба. При выходе из порта погиб от вражеского огня буксир «Саламбала».
Из Мариуполя корабли флотилии отходили на Керчь и Ейск самостоятельно. Сам командующий, отдавший приказ об отходе, на корабле «Мариуполь» отправился в Ейск для сбора сил в портах восточного побережья. К сожалению, в течение нескольких дней он был в изоляции и фактически флотилией не руководил. Лишь 14 октября командный пункт флотилии был развернут в ст. Приморско-Ахтарской.
13 октября, по представлению командования Черноморского флота, нарком ВМФ назначил командующим Азовской военной флотилией контр-адмирала С. Г. Горшкова[149]
. Вскоре приступили к своим обязанностям военком флотилии полковой комиссар С. С. Прокофьев, начальник штаба капитан 3.ранга А. В. Свердлов и начальник политотдела батальонный комиссар В. А. Лизарский.