Балтийский флот в битве за Ленинград. 1941 г.

На полуострове базировался 13-й истребительный полк, насчитывающий 60 самолетов. В июне 1941 г. на Ханко осталась только одна эскадрилья «чаек» (И-153), остальные три эскадрильи под Ленинградом получали новые машины. Кроме того, на Ханко размещалась 81 отдельная авиационная эскадрилья (ОАЭ) гидросамолетов МБР-2.

Боевые задачи базы во время войны: оборона северного фланга минно-артиллерийской позиции, оборона базы с моря, с суши и с воздуха. Располагаясь на основном шхерном фарватере, база не позволяла кораблям и судам противника переходить из Ботнического залива в Финский и обратно. Поэтому понятно стремление финнов как можно быстрее захватить Ханко.

В первый же день войны, 22 июня 1941 г. в 22.30 бомбардировочная авиация противника произвела налет на Ханко. В ответ на него на следующий день истребители 13-го полка нанесли штурмовой удар по аэродрому Турку.

Для усиления противодесантной обороны Ханко были проведены минные постановки. Всего катерами и вспомогательными судами базы было выставлено 367 мин. Корабельные дозоры вели наблюдение за противником. Одновременно катера «малые охотники», несшие дозор, осуществляли противолодочную оборону на подходных фарватерах к Ханко.

С конца июня финская артиллерия вела интенсивный артиллерийский и минометный огонь по переднему краю обороны, позициям береговой и железнодорожной артиллерии, по городу, порту, аэродрому, расходуя за сутки от 2 до 6 тыс. снарядов. Наиболее тяжелым был день 29 июля, когда все финские батареи обрушили свой огонь на полуостров. Береговая и полевая артиллерия базы вела ответный огонь по батареям противника, переднему краю его обороны, железнодорожным станциям, уничтожала наблюдательные вышки.

29 июня и 1 июля финские войска предприняли две попытки прорвать оборону базы на перешейке. Части 8-й стрелковой бригады при поддержке артиллерии отбили эти атаки. Убедившись в возможностях советской обороны, финны более не пытались атаковать базу с суши. Перед перешейком они сосредоточили так называемую «Ударную группу Ханко» силой до двух дивизий.

В морском секторе обороны в первые месяцы войны основным противником были финские броненосцы береговой обороны «Ильмаринен» и «Вяйнемяйнен». 4 июля, находясь в районе острова Эре, они обстреляли город и порт, выпустив 18 снарядов главного калибра (254 мм). В результате обстрела в базе были разрушения и пожары. 12 июля финские броненосцы повторили обстрел, ведя огонь по аэродрому и железнодорожной батарее, израсходовав 38 снарядов. Наиболее значительная операция с участием обоих броненосцев была проведена финнами 2 сентября, в этот день по разным целям они выпустили 68 254-мм снарядов.

Последний обстрел броненосец «Вяйнемяйнен» («Илмаринен» подорвался на мине и погиб 13 сентября) произвел 15 ноября, выпустив по железнодорожной батарее 32 снаряда. Во всех случаях береговые батареи Ханко броненосцев не видели и противодействия не оказывали. Самолеты, не раз вылетавшие на поиск броненосцев, не смогли их обнаружить в шхерах.

Уже в начале августа командование КБФ обратилось к наркому ВМФ с предложением об эвакуации базы с целью усиления обороны Таллина. В ответ Н.Г. Кузнецов 14 августа направил Военному совету КБФ директиву о ведении боевых действий на Ханко: «Переброска частей с Ханко признана неправильной, предложено обеспечить запасы продовольствия и боеприпасов и драться».

Вторично ВС КБФ 21 августа предложил снять войска с Ханко и Моонзундских островов и создать ударную группировку для прорыва по берегу Финского залива к Ленинграду. Но Ставка отклонила это предложение, приказав всем оставаться на месте.

В ночь на 28 августа с Ханко просматривалось зарево над Таллином, флот и войска покидали главную базу. После оставления Таллина и ухода флота в Кронштадт гарнизон Ханко остался без подвоза снабжения. В дальнейшем база жила и воевала за счет своих довоенных запасов.

В день оставления Таллина 28 августа командующий Северо-Западным направлением К.Е. Ворошилов и член Военного совета АА. Жданов обратились к начальнику Генерального штаба о необходимости эвакуации Моонзундских островов и Ханко. На этот раз Ставка согласилась, и в тот же день поздно вечером начальник Генерального штаба Б.М. Шапошников по поручению Ставки Верховного Главнокомандования направил директиву Военному совету Северо-Западного направления об эвакуации войск с островов Сарема, Хиума и полуострова Ханко. Но в конце августа и сентябре командованию флота и фронта было не до островов и Ханко. Главной задачей становится отражение штурма Ленинграда. К тому же командование флота еще не отошло от шока после ужаса Таллинского перехода.

При эвакуации Таллина 29 августа транспорт № 510 «Вахур» доставил из Палдиски на Ханко 46-й отдельный инженерный батальон численностью 1100 чел. Вместе с транспортом на Ханко прибыла канонерская лодка «Лайне».