Биограф Лойолы описывает дальнейшие события так: «Расставшись не так давно, мы оставили его в постели, советуя отлежаться после многочисленных ранений, полученных на поле брани. Будучи молодым придворным аристократом соответствующего уровня развития, он потребовал принести себе в качестве развлечения каких-нибудь рыцарских романов – обычное чтиво, но романов не нашлось, тогда больному принесли Библию и Жития святых как единственную литературу, до которой снисходили знатные предки Лойолы. Он хотел отослать книги, однако было уж очень скучно лежать целый день, поглядывая в потолок… После прочтения первых страниц произошло чудесное перерождение строптивого юнца в набожного человека. Чем больше он читал, тем понятнее становилось, какую суетную и никчемную жизнь он вел до сих пор. Едва встав на ноги, Иниго решил отправиться в Иерусалим, чтобы умереть там, где провел свою земную жизнь Спаситель. После того недуг отступил и довольно скоро врачи разрешили снять повязки. Когда эскулапы увидели ногу, они ужаснулись. Над коленом торчала кость. Иниго потребовал спилить ее. Выдержав и эту операцию, он, наконец, поправился, хотя и навсегда остался хромым».
В 1522 году, утратив здоровье, но обретя новый взгляд на мир, Лойола принял решение о паломничестве к Гробу Господню: 30-летний дворянин думал попросить прощения за нехристианские поступки, поблагодарить за спасение и заодно выслушать совет, как жить дальше…
Путь в Палестину проходил через Монсеррат – самое священное место в Испании, где находилась Чёрная Дева, которая, по мнению Лойолы, вместе с Христом спасла его от смерти. Поднявшись на гору поздно вечером, он приказал до блеска начистить доспехи, в полном вооружении вошел в пещерную церковь, преклонил колена перед скульптурой и встретил утро в той же позе.
На следующий день (25 марта), когда монахи праздновали день Благовещения Богородицы, Лойола, оставив у алтаря кинжал со шпагой, вышел на улицу и раздал нищим все, что у него имелось. Затем, сняв и богатое платье, он облачился в рубище, чтобы в подобающем виде отправиться на поиски истины.
Правдоискания неожиданно завершились в Манресе, вернее, в окрестностях городка, где Лойола обнаружил пещеру, в которой собирался провести несколько дней в покаянной молитве. Однако отшельничество растянулось почти на год и, как впоследствии вспоминал иезуитский историк, стало временем размышлений над созданием собственного братства. Говорят, что пещеру Лойолы нередко навещал сам Иисус Христос, и, хотя Иниго никому не рассказывал о видениях, тот, якобы, посоветовал своему поклоннику посвятить жизнь служению церкви. Впоследствии, будучи главой ордена, избранник божий не уставал повторять: «За мгновения, проведенные наедине с Богом, я понял больше, чем за всю предыдущую жизнь, отчего потом уже никогда не смотрел на окружающий мир прежним беспечным взглядом».
Лойола ушел из монастыря совершенно иным человеком. Приобретя аскетический опыт, пройдя курс богословия, пережив ряд чудесных озарений, он предпочел монастырскому уединению проповедь в миру. Миссионерская деятельность началась с перемены испанского имени на христианское, уже без аристократических приставок. Поначалу его идеи вызвали недоумение, затем странным проповедником заинтересовалась инквизиция, что заставило его перебраться в Париж, где в 1534 году, найдя единомышленников, Игнатий Лойола дал обеты бедности и целомудрия. Немного позже благоволение и реальная помощь папы римского позволили создать монашеский орден, как известно, ставший основным орудием Контрреформации.
В качестве организации братство иезуитов появилось много лет спустя после посещения основателем Монсеррата. Лойоле удалось сформировать многоликое братство и утвердить систему образования с целью воспитания людей, абсолютно преданных католичеству. Армия иезуитов – наставники, миссионеры, шпионы, инквизиторы – трудилась во имя Господа, помня о знаменитом изречении своего генерала: «Цель оправдывает средства». В 1548 году выработанные им организационные и моральные принципы ордена были увековечены в сочинении «Духовные упражнения». В 1622 году главу иезуитов причислили к лику святых, и вскоре после того, в одной из галерей Монсеррата, появилась его статуя с надписью, напоминающей о том, что именно здесь началась новая, исполненная святости жизнь Лойолы.