Далее в документе говорилось о том, что «на неудовлетворительное с государственной точки зрения положение дел в Психоневрологическом институте в письмах на имя бывшего президента института академика Бехтерева и покойного председателя совета министров Столыпина неоднократно обращал внимание еще бывший министр просвещения сенатор Шварц». В марте 1913 года, как отмечалось в докладной записке, министр Кассо предложил руководству института пересмотреть его устав, подчинив таким образом институт общему контролю министерства просвещения в лице попечителя Петербургского учебного округа и обеспечив при этом контроль министерства за избранием профессоров и преподавателей и набором студентов. Ответ на это требование министра Совет института дал лишь в начале 1914 года; он представил в нем проект дополнений к действующему уставу, обойдя при этом основные требования Кассо.
«Совокупность всего вышеизложенного, — сообщал председатель совета министров Николаю II, — приводит министерство народного просвещения к заключению, что на поставленный Вашим Императорским величеством вопрос о пользе, приносимой государству Психоневрологическим институтом, может быть дан только отрицательный ответ. Поэтому и принимая во внимание, что противоправительственное направление, как это ныне может считаться окончательно установленным, пустило в Психоневрологическом институте слишком глубокие корни, чтобы частичными изменениями и дополнениями его устава могло бы быть достигнуто быстрое изменение этого направления и оздоровление жизни института, тайный советник Кассо приходит к заключению о необходимости закрытия института».
Совет министров, со своей стороны, был не против закрытия Психоневрологического института, тем более что закрытие его можно в какой-то степени оправдать «нарушением» институтом своего устава и «противоправительственной направленностью» деятельности преподавателей и студентов. Вместе с тем Горемыкин счел нужным предупредить царя, что «подобная мера теперь… несомненно, произвела бы крайне неблагоприятное в общественном мнении впечатление, тем более нежелательное, что институт организован и содержится преимущественно на частные средства».
С общественным мнением приходилось считаться даже царю и его приспешникам. И потому в решении вопроса о судьбе Психоневрологического института Горемыкин не был столь категоричен, как Кассо. Вместе с тем и он находил, что «противоправительственная агитация, прочно укоренившаяся в институте, несомненно, подлежит устранению». Совет министров считал необходимым «ввести правила, регулирующие права, обязанности и весь внутренний строй института». Для этого он предлагал «немедленно пересмотреть устав института» таким образом, чтобы порядки в нем были приведены в соответствие с прочими высшими учебными заведениями.
На этом документе с грифом «Совершенно секретно» Николай II написал: «Согласен». Это случилось 28 июля 1914 года — через девять дней после того, как был опубликован скрепленный его же подписью минифест о вступлении России в войну с Германией и ее союзниками.
Война всколыхнула Россию, Европу, весь мир. Как относиться к ней? Понятно, что каждая война несет беды, разрушения, жертвы. Но война была начата с кайзеровской Германией и реакционной Австро-Венгрией — столпами милитаризма на Европейском континенте, главными противниками единения славян. Некоторые «левые», и прежде всего представители большевистской фракции социал-демократов, указывают на империалистический характер войны, на ее бессмысленность, рассуждал Бехтерев. Да, конечно, война не имеет оправдания, и лучше бы ее не было. Но если она уже возникла, то победу в ней все-таки следует предпочесть поражению. Ведь третьего не дано; по крайней мере, предсказать какой-либо третий исход нет возможности. К тому же, если сражаются и проливают кровь соотечественники, то долг врача — помогать страждущим. Так или приблизительно так мыслил Бехтерев о разразившейся войне, о том, как сам он должен реагировать на сопряженные с ней события.
Результатом такого хода мыслей стала активная деятельность Бехтерева, направленная на оказание помощи соотечественникам, страждущим от ран и болезней. Таким образом, Бехтерев, противник самодержавия и капитализма, невольно оказался в одном стане с ненавистными ему и преследующими его монархистами и правительственными чиновниками, которые как раз в то время покушались на само существование Психоневрологического института.