В первом письме Наполеону Бернадот сообщил о своём неодобрении как готовящейся вылазкой справа со слабым руководителем, каким был Пишегрю, так и вознёй слева в лагере якобинцев. Он, со своей стороны, приветствовал бы развитие в стране центристских тенденций.
На следующий день Ожеро был назначен комендантом Парижа. 27 августа состоялось торжественное вручение трофейных знамён Директории. С речью выступил Бернадот, произнёсший дежурные фразы о преданности Итальянской армии идеалам революции и выразивший надежду на то, что противоречия в стране улягутся сами собой. Генерал тщательно избегал выражений, которые свидетельствовали бы о вмешательстве военных в политику. И тут слово взял новый президент Директории Ляревелльер. Он так грубо напал на правых, что все слова Бернадота о примирении были тут же забыты, и в воздухе запахло настоящей войной. Бернадот, хотел он того или нет, предстал на этом сборище единомышленником Ляревелльера, тем более что сразу после церемонии со знамёнами директора Баррас и Рёбелль пригласили его к себе отпраздновать событие.
Бернадот неизбежно начал дрейфовать в сторону воинственных сторонников власти. 29 августа он выступил в газете Le Grondeur со статьёй, в которой снова подчеркнул свою лояльность к Директории и в резких тонах заклеймил её врагов. Во втором письме Наполеону его агрессивный тон по отношению к роялистам сохраняется. В то же время он категорически отказывается стать рядом с Ожеро — идея государственного переворота его по-прежнему не вдохновляет. В письме к Наполеону он выражает желание как можно быстрее покинуть Париж и вернуться в Италию. Отпуск оказался совсем не таким, каким он себе его представлял тремя неделями раньше.
4 сентября 1797 года Директория дала наконец Ожеро отмашку, и тот немедленно приступил к выполнению давно подготовленного предприятия. Его солдаты легко окружили нужные здания — в основном правительственные, в которых сидели заговорщики, и всех их, как покорных кроликов, арестовали. Л.Карно успели предупредить, и ему удалось бежать. 17 руководителей заговора отправили "на сухую гильотину" — в ссылку во Французскую Гвиану, "вредные" партии запретили, а выборы в 48 департаментах отменили. Первый военный переворот прошёл быстро и бескровно. Благодаря поддержке Наполеона Директория усидела у власти.
Бернадот на три дня предусмотрительно удалился из столицы и в неизвестном месте пережидал события. В письме Наполеону он написал: "
Между тем члены Директории по отношению к Ожеро большого восторга не испытывали и искали ему замену. Вероятно, разобравшись в характере и поведении Бернадота, они стали обращать свои взоры в его сторону. Сам Баррас нанёс генералу несколько визитов и перед его выездом из Парижа вручил подарок от Директории — несколько коней, 2 инкрустированных пистолета, изготовленных на Версальсом заводе, и саблю. К генералу явилась также делегация ветеранов и многозначительно попросила остаться. Директория начала перетасовку своих генералов, и Наполеон, очевидно не желая возвращения Бернадота в Италию, предложил Директории сделать его командующим корпусом в Марселе. Бернадот отказывался, говорил, что на этом посту потребуются глубокие знания человеческой натуры и твёрдый примиренческий характер, в то время как он — простой солдат и привык воевать. В Марселе, сообщает швед Хёйер, ему бы пришлось заниматься чисткой скомпрометировавших себя сторонников Пишегрю, а это было мало приятным занятием. Уж лучше он вернётся на своё старое место. Директория настаивала, и тогда он обставил своё назначение целым рядом требований: гарантия выплаты солдатам и офицерам жалованья, ограничение полномочий комиссаров Директории, выделение секретных сумм денег, необходимых ему для ведения гражданской войны в округе и др. Требования показались Директории неприемлемыми, и вопрос с назначением отпал.