К вечеру 9 июня в Генштабе был подготовлен проект директивы, согласно которому для действий против Румынии, чьи войска оценивались в 36–38 пехотных, 4 кавалерийских дивизий, 5 горнопехотных и 1 механизированную бригады при 658 боевых самолетах, выделялось три армии. Из войск КОВО для операции по освобождению Бессарабии привлекались 12-я армия (8-й, 13-й, 15-й, 17-й стрелковые корпуса, 7-я, 58-я, 60-я, 62-я, 72-я, 124-я, 137-я, 139-я, 141-я, 146-я, 192-я стрелковые дивизии, 81-я моторизованная дивизия, 5-я, 23-я, 24-я, 10-я, 26-я, 14-я, 38-я танковые бригады, 2-й и 4-й кавалерийские корпуса, 3-я, 5-я, 16-я, 32-я, 34-я кавдивизии, 375-й, 135-й, 168-й, 305-й, 324-й, 120-й артиллерийские полки, 315-й и 316-й артдивизионы РГК) и 5-я армия (36-й, 37-й и 49-й стрелковые корпуса, 8-я, 44-я, 74-я, 130-я, 135-я, 139-я, 140-я, 147-я, 164-я стрелковые дивизии, 9-я кавдивизия, 36-я танковая бригада, 376-й, 124-й, 331-й, 429-й артполки и 34-й артдивизион РГК). Из войск ОдВО для операции выделялась 9-я армия (35-й, 7-й и 14-й стрелковые корпуса, 15-я, 25-я, 30-я, 51-я, 95-я, 150-я, 156-я, 173-я, 176-я стрелковые дивизии, 4-я танковая бригада, 522-й, 320-й, 110-й, 430-й артполки и 39-й артдивизион РГК).
Предлагалось главный удар нанести силами 12-й армии из района севернее Черновиц в направлении на Сирет. Далее одна группировка войск должна была наступать на Дорохой, Костешты и вдоль Прута на Яссы, а другая — на Сучаву и вдоль р. Сирет на Роман, Бакэу, Мэрэшешты, Галац, Брэилу и Измаил. Уже к исходу первого дня операции механизированные части должны были занять Дорохой, к исходу второго дня — Андриешени и к исходу 3-го дня — Яссы и Хуши. Войска 5-й армии должны были наступать от Студеницы на фронт Бричаны — Липканы и далее на Бельцы. 9-я армия своим 35-м стрелковым корпусом должна была наступать на Кишинев и далее на Хуши. 30-й стрелковой дивизии следовало форсировать Днестровский лиман и наступать на Аккерман, Сарата, а 150-ю дивизию планировалось перевести из Крыма на кораблях Черноморского флота и высадить в районе Жебриян
[840].В дальнейших вариантах плана происходило увеличение привлекаемых к операции войск и сокращение стоящих перед ними задач
[841]. Так, в состав 9-й армии было введено управление 55-ш стрелкового корпуса, а морской десант у Жебриян следовало подготовить из частей 74-й стрелковой дивизии, развертываемой в районе Одессы. На Черноморский флот первоначально планировалось возложить следующие задачи:«а) Организовать непрерывную и надежную дозорную службу подводными лодками, авиацией и легкими силами в Черном море у Босфора и быть готовыми быстро поставить минные заграждения у Босфора;
б) Уничтожить румынский военный и морской флот как в плавании, так и в военных базах;
в) Блокировать все побережье и порты Румынии (Констанца и другие);
г) В первый же день прочно закрыть Дунайское гирло от возможных попыток прохода по Дунаю вооруженных судов Румынии;
д) Оказать помощь и содействие войскам 9 армии при форсировании р. Днестр через косу в Днестровском лимане;
е) Организовать перевозку и высадку десанта 74 стр. дивизии из Одессы в район Жебрияны»
[842].13 июня с 13.20 до 14.45 часов в Кремле состоялось совещание высшего военно-политического руководства, на котором присутствовали И.В. Сталин, В.М. Молотов, нарком обороны маршал С.К. Тимошенко, начальник Генштаба маршал Б.М. Шапошников, его заместитель генерал-лейтенант И.В. Смородинов, начальник Политуправления РККА армейский комиссар 1-го ранга Л.З. Мехлис, командующие войсками и члены Военных советов КОВО — генерал армии Г.К. Жуков, корпусной комиссар В.Н. Борисов и ОдВО — генерал-лейтенант И.В. Болдин и корпусной комиссар А.Ф. Колобяков, нарком ВМФ адмирал Н.Г. Кузнецов, начальник Главного морского штаба адмирал Л.М. Галлер и командующий Черноморским флотом контр-адмирал Ф.С. Октябрьский
[843]. К сожалению, материалы этого совещания все еще секретны, однако совершенно очевидно, что речь на нем шла о подготовке операции против Румынии. В частности, руководство ВМФ настояло на резком сокращении задач для Черноморского флота, и этот раздел плана был подготовлен лично Галлером [844]. Морской десант у Жебриян было решено не проводить (эта идея была реализована 24 августа 1944 г. в ходе Ясско-Кишиневской операции). Кроме того, был решен вопрос о создании оперативного объединения Черноморского флота на реке Дунай — Дунайской военной флотилии, создание которой началось четыре дня спустя.Результатом всей этой работы стала директива наркома обороны и начальника Генштаба № 101396/сс, которую прибывшие на самолете из Москвы подполковник Шикин и майор Рыжаев в 21.45 20 июня 1940 г. вручили командующему войсками КОВО генералу армии Г.К. Жукову.