И после окончания сельской школы пошел Василий учиться в Харьковское земледельческое училище. А получил диплом — направили его на Кубань, в казачью сельскохозяйственную школу близ Екатеринодара, учителем земледелия. Эта школа, которую называли «Круглик», находилась на окраине города. За ней — степь да степь, до самого неба… И пока Василий Степанович учительствовал, он создал здесь опытное поле, многие сорта озимой и яровой пшеницы испытал, чтобы добиваться высоких урожаев. Занимался и просом, и сахарной свеклой… А затем всерьез взялся за подсолнечник. Очень загадочная эта культура, привезенная в Россию из Америки. Она привлекает людей ярким венком лепестков вокруг головы-корзинки, украшает сады и поля своей самобытной красотой. Она удивляет всех тем, что корзинки подсолнуха поворачиваются все лето к солнцу, как бы приветствуя светило жизни. А главное — это подсолнечное масло, незаменимый продукт людей.
Но как удвоить, утроить содержание масла в семечках? Ведь потребности в нем катастрофически растут. Многие ученые занимались улучшением сортов пшеницы, проса, но никто даже не прикасался к проблемам урожайности и масличности подсолнечника. Между тем, он не такой стойкий, как кажется. Он, будто человек, подвержен различным болезням, и самая гнусная из них — заразиха. Она настольно прожорливая, что губила подсолнухи, точно огнем сжигала. Выживали единичные растения. Вот их-то и стал разыскивать Василий Степанович, совершив свое первое длинное путешествие по Кубани, Дону и Харьковщине. Не где-нибудь, а на своей малой родине, близ слободы Тарановка под Харьковом, молодой ученый нашел сорт подсолнечника, который абсолютно не боялся заразихи. Его называли «зеленкой», потому что он продолжал зеленеть, когда другие сорта подсолнечника чернели и погибали от страшной болезни. Правда, один недостаток был у зеленки — она не отличалась высокой масличностью. Ну и что же? Если ее скрестить с высокомасличным подсолнухом, то может получиться такой сорт, какой необходим земледельцам. В конце концов Василий Степанович вывел такой сорт: и богатый маслом, и не боящийся заразихи.
Об этом чудо-подсолнечнике писали в местной кубанской печати. Так, журналист В. Рейнгард, рассказывая об опытном поле Пустовойта «Круглик», сообщил, что молодым ученым выведены новые озимые сорта пшеницы для засушливых районов России. Однако, подчеркивал корреспондент, «слабость Пустовойта — это подсолнечник-маслянка. О подсолнечнике он говорит, по меньшей мере, как о любимом ребенке. Подумать только: сорт Пустовойта „Панцирный А-4“ содержит 62 процента жира в абсолютно сухом зерне!»
Журналист обращал внимание на монографии B.C. Пустовойта «Возделывание масличного подсолнечника» и «Подсолнечник и его возделывание на Кубани» и советовал опубликовать их в Москве. И вскоре их напечатали в столице. Это был триумф научного поиска Василия Степановича!
И вдруг в 1930 году беда: на B.C. Пустовойта обрушивается ложный донос. Кто-то из завистников его таланта написал в Кремль, что он якобы в беседе с учащимися сравнил Сталина с заразихой. Та губит поле подсолнухов, а Иосиф Виссарионович — плеяду талантливых людей. И хотя Василий Степанович никогда таких слов не произносил, его арестовали, он не успел взять с собой даже пальто. Захватил только рюкзак с семенами подсолнечника «Панцирный А-4» и гибридов озимой и яровой пшеницы…
Теперь, сидя на нарах в бараке лагеря, он пересыпал их с ладони на ладонь и думал горько: все результаты селекции коту под хвост! Может, отдать зерна голодающим заключенным? Но что-то останавливало его таким образом транжирить драгоценные семена…
И Пустовойт, действительно, дождался своего победного часа! Ему, можно сказать, повезло — вскоре в Казахстане организовали совхоз «Гигант» НКВД, которому отдали более чем 600 тысяч гектаров целинных земель. А при совхозе открыли опытное поле селекции зерновых, кормовых и масличных культур. Кому же его доверить? И тут начальство в лице руководителя Карлага О. Линина соизволило вспомнить о выдающемся селекционере-агрономе Пустовойте, которого доставили из Екатеринодара с мешком семян кубанской пшеницы и подсолнечника. И ему наконец-то разрешили заняться селекцией. Ему и еще одному политзаключенному-ученому, бывшему директору Полтавской опытной станции Виктору Ивановичу Сазанову. Вместе они вывели новые сорта озимой ржи «Долинская», просо «Долинское» 86, 12 и 155. Благодаря настоянию и заботам Василия Степановича на землях опытной станции впервые испытали озимую пшеницу и подсолнечник. Вот тут-то и пригодились семена заключенного Пустовойта, привезенные с Кубани. И если озимая пшеница с юга России не прижилась в суровых условиях Сарыарки, то подсолнечник Пустовойта начал свое победное шествие по ее полям, а затем — и всего Казахстана.