Поиск особенностей формирования и развития естественно-научного образования в университетах Российской империи, которое неизменно зависело от образовательной политики государства, традиций каждого университета, самих профессоров и было тесно связано с научной работой преподавателей и студентов, ставит перед исследователем сложную задачу формирования историографического обзора. В первую очередь следует отметить тот факт, что в отечественной историографии нет исследования, которое было бы посвящено истории естественно-научного образования в университетах Российской империи, но в то же время каждый труд по истории университетского образования или по истории отдельных университетов затрагивает вопросы, связанные с развитием естественно-научного образования. Это связано с тем, что история университетов Российской империи представляет собой единый процесс, когда те или иные события общей образовательной политики и частное их отражение в различных учебных заведениях влияли и на функционирование университетов в целом, и на деятельность естественных отделений.
Дореволюционный этап развития историографии характеризуется значительным преобладанием числа работ по истории отдельных университетов, написанных к их юбилеям. Все они освещают историю университетов с позиции официальной историографии – история университета рассматривается как смена событий, без фокусировки на социально-политических причинах реформ и их последствиях. История университета в них – это преимущественно история профессоров, нежели история студентов. Несмотря на то что в той или иной степени все эти работы касаются отдельных аспектов организации учебного процесса, сведения даны в виде нарратива, а концептуальная оценка исторических условий чаще всего отсутствует. Речь идет о работах С. П. Шевырева, В. В. Григорьева, М. Ф. Владимирского-Буданова, А. И. Маркевича, Д. И. Багалея, Н. П. Загоскина, Е. В. Петухова, Н. Н. Булича[4].
Помимо истории отдельных университетов в 60‑е гг. XIX столетия зарождается обобщающее историческое направление по истории высшего образования. Это исследования М. И. Сухомлинова, В. С. Иконникова, П. И. Ферлюдина, Б. Б. Глинского, П. Н. Милюкова[5], которые сформировали так называемую «либеральную концепцию» истории университетского образования в России, согласно которой оно рассматривалось как чередование прогресса и реакции. Наиболее четко оформлена эта концепция оказалась в статье известного либерала В. Е. Якушкина[6].
Наиболее фундаментальными трудами дореволюционной историографии университетского образования в России стали работы С. В. Рождественского[7] по истории Министерства народного просвещения. Его «Исторический обзор деятельности Министерства народного просвещения», будучи официальным изданием министерства, по отношению к наиболее острым вопросам, касающимся университетской истории конца XIX в., проявляет определенную безоценочность и описательность.
В начале XX в. появились исторические обзоры развития университетского образования, которые отличались от обличительно-публицистических и либеральных. Это очерки по истории университетов И. П. Бороздина[8] и В. М. Фриче[9], отражавшие марксистский взгляд на исторический процесс.
Важным пластом дореволюционной университетской истории, особенно необходимым для создания данного исследования, являются работы по истории отдельных учебно-вспомогательных учреждений. Традиция публиковать такие работы наряду с юбилейными «историями» университетов также зародилась в дореволюционный период. Наиболее информативны отдельные публикации по истории кафедр и учебно-вспомогательных учреждений[10]. С одной стороны, написание подробных очерков истории кабинетов и лабораторий является большим достижением дореволюционной историографии, с другой стороны, это привело к довольно раннему разделению истории университета и истории университетской науки. Дореволюционный период отмечен также появлением нескольких работ историко-научной направленности, в которых авторы пытались анализировать развитие университетской науки[11].