К вечеру 17-го сентября над Валаамом заметили высокие столбы дыма. Большевики, похоже, сжигали то имущество, которое не могли или не хотели забирать с собой. 18-го сентября пожары на острове продолжались, а днем в Старо-Никольскую бухту Валаама вошли шестнадцать кораблей, прибывших с южного направления. На следующий день эти корабли начали покидать остров, кроме того, снова наблюдались пожары, горела Иерусалимская церковь Воскресенского скита, расположенная западнее главного валаамского храма. К вечеру с острова слышались сильные взрывы, похоже, красные взрывали оставшиеся старые боеприпасы, которые не могли вывезти по причине опасности их транспортировки.
Утро 20-го сентября принесло полковнику Ярвинену радостное известие. Тщательная авиаразведка показала, что русские ушли с Валаама и соседних островов Валаамского архипелага, полностью эвакуировав все, что хотели. Собственно, финский полковник и не собирался им в этом никак мешать. Как только он увидел признаки эвакуации противника, то подумал, что это и к лучшему, желая поскорее занять самый большой остров Валаам и другие острова поменьше без боя. Ведь даже штурм относительно маленького ладожского острова Рахмансаари дался финским войскам большой кровью. «Зачем же нести потери, если можно немного подождать, чтобы взять все эти острова без всякого сопротивления?» — решил финский полковник.
Еще за несколько дней до окончания советской эвакуации, Ярвинен распорядился начинать подготовку к высадке на Валаам и соседние острова архипелага. Своим приказом полковник создал целый десантный отряд, состоящий из одиннадцати небольших катеров, на которых должна была разместиться целая рота под командованием лейтенанта Ляхде. У этой десантной роты имелись пулеметы и даже легкие пушки. Опасность нарваться на русскую засаду все еще казалась финнам вполне реальной. Но, никакого противодействия высадке не последовало. И финские десантники без потерь высадились на остров в совершенно спокойной обстановке рассвета над Ладогой. После чего на Валаам днем из Сортавалы прибыл на катере и сам полковник.
Когда Эйно Ярвинен ступил на причал Монастырской гавани, то почувствовал себя в этот момент победителем и завоевателем. Ведь все старинные церкви вместе со всеми остальными строениями древнего монастыря оказались в его полном распоряжении, как и немногочисленные местные жители, которые не пожелали эвакуироваться. Они попрятались в момент последней погрузки, чтобы их не увезли с Валаама насильно. Местные не любили ни красных, ни белых, зато обожали свой Валаамский архипелаг и собственные убогие избушки, где многими поколениями жили их предки ладожские рыбаки.
Поскольку противника нигде обнаружить не удалось, полковник принял решение немедленно укрепляться на Валааме, для чего распорядился направить на остров подкрепления с севера Ладоги. До начала октября удалось перебросить довольно значительные силы, целый батальон береговой обороны, которым командовал капитан Тойвиайнен. Русские канонерки в это время занимались перестрелками с немцами возле Шлиссельбурга. А краснозвездная авиация бомбила наступающие порядки и тылы вермахта. И никто не мешал финнам совершать перевозки по северной части озера, что позволило им без всяких потерь перебросить на катерах и баржах все три роты и штаб батальона со всем вооружением, боезапасом и прочими припасами, необходимыми для предстоящей зимовки. Более того, с конца сентября начали завозить на Валаамский архипелаг и орудия, собрав целых две береговых батареи. Каждая состояла из четырех трехдюймовок образца 1897-го года. Первую разместили на Никольском острове или Тупаккасаари, как называли его финны. А вторую батарею установили на мысу Мустаненянниеми. В начале октября Ярвинен распорядился усилить береговую оборону Валаама еще и двумя шестидюймовыми орудиями Кане, вывезенными с Импиниеми и с Ристисаари.
Конечно, после пребывания красноармейцев и краснофлотцев на Валааме, а особенно после их эвакуации, многое пришло в негодность и нуждалось в восстановлении. Но, финны не отчаивались. Они делали ремонт в зданиях монастыря, пострадавших от эвакуационного пожара, приспосабливая их под свои казармы, восстанавливали мостики, тянули телефонные и электрические кабели, осматривали затопленные суда на предмет их возможного применения. В Монастырской бухте финны обнаружили затопленный пароход «Сергий», а в Старо-Никоновской бухте нашли еще один утонувший пароход «Валаамский Монастырь». Вот только оборудования для их подъема и ремонта не имелось. Русские все забрали с собой. Тем не менее, эти затопленные пароходы никому особо и не мешали. Если русские рассчитывали перекрыть ими фарватер, то просчитались. Катера и баржи по фарватеру все равно проходили свободно. Все необходимое подвозилось вовремя, а финские солдаты постепенно осваивались на архипелаге.