Хотя процент попаданий для такого слабого сопротивления был невысок — попали всего 3 — 1000-фн бомбы из 13 — они легли слишком хорошо. Первая взорвалась сразу перед носовым элеватором, вторая попала ближе к левому борту перед центральным элеватором, а третья взорвалась слева от кормового элеватора. Первая бомба прошла на ангарную палубу, взрыв швырнул плиту носового элеватора прямо на мостик. Вторая бомба взорвалась среди самолетов на полетной палубе, и взрывы бомб, торпед и бензина превратили палубу в пылающий ад. Третья бомбы пробила полетную палубу и вызвала страшные разрушения на корме. Атака длилась с 10.25 до 10.30, при этом не погиб ни один самолет “Йорктауна”. “Сорю”, весь объятый пламенем, сотрясаемый взрывами боеприпасов, потерял управление и остановился вскоре после 10.40. Капитан, видя, что пожары выходят из-под контроля, в 10.45 приказал экипажу покинуть корабль. Подошли соседние корабли и принялись вылавливать спасшихся из воды. Тяжелый крейсер “Тикума” в 11.12 прислал катер, чтобы помочь спасательным работам. Спасенных передавали на эсминцы “Хамакадзэ” и “Исокадзэ”.
Адмирал Нагумо, который не знал о положении “Сорю”, в 16.55 передал по радио приказ 2 эсминцам-спасателям отойти на NW, прикрывая авианосец. “Исокадзэ” ответил: “Сорю” не может двигаться самостоятельно”. Запрашивая инструкции по прикрытию, он добавил: “Нельзя ожидать, что “Сорю” сможет дать ход, даже если пожары потухнут”. Этот же ответ “Исокадзэ” повторил в 18.02: “Не думаю, что “Сорю” сможет следовать своим ходом. Спасенный экипаж покинул корабль”. Вскоре после попадания бомб командир “Сорю”, капитан 1 ранга Янагимото, получил тяжелые ожоги и был вынужден сдать командование. Его штаб не раз пытался убедить капитана перейти на другой корабль, но он упрямо отказывался. Примерно в 10.45, приказав экипажу покинуть корабль, Янагимото бросился в огонь, чтобы найти смерть в бою (сенси).
Около 19.00 пожары на “Сорю” забушевали еще яростнее. Адмирал Нагумо на борту легкого крейсера “Нагара” организовал пожарную партию и начал готовиться перебросить ее на борт “Сорю”. Но в 19.12 авианосец начал тонуть и ушел под воду через 3 минуты. Уже под водой, в 19.20, на нем произошел сильный взрыв, отметив место погребения корабля. Точно установить количество жертв невозможно. Штатный экипаж корабля составлял 1103 человека, но на борту было много гражданских и новобранцев. Неофициальная цифра потерь принята 718 человек.
37 пикирующих бомбардировщика с “Энтерпрайза”, разделенные на 2 эскадрильи под командованием капитан-лейтенанта Кларенса Мак-Клоски вскоре после 10.00 наконец заметили 3 японских авианосца. Лидер ударной волны приказал одной эскадрилье атаковать “Акаги”, а второй — “Кагу”. “Акаги” оказался точно в таком же положении, как и “Coрю” — беззащитный, застигнутый врасплох. “Доунтлессы” спикировали до высоты 1600 футов, прежде чем сбросить бомбы, но лишь 2 из них попали в цель. Одна врезалась в край среднего элеватора, вторая попала в кормовую часть ближе к левому борту. (Уцелевшие офицеры “Акаги” отмечали, что “вражеские пикировщики атаковали отважно”.) Взрывы и пожары немедленно превратили “Акаги” в развалину. Первая бомба попала в шахту элеватора и взорвалась среди сваленных на ангарной палубе бомб и торпед. Одно это попадание было бы роковым. Вторая бомба взорвалась среди самолетов, менявших бомбы на торпеды. Опять пожары от взрывающихся бомб, торпед, бензина, пронеслись по полетной палубе. В 10.29 капитан 1 ранга Тадзиро Аоки приказал затопить бомбовые и торпедные погреба. Носовые погреба были затоплены сразу, но на корме это сделать не удалось, так как задрайки дверей были уничтожены взрывом. Однако пожар в кормовом погребе был порушен после того как аварийная партия сумела пробиться через шахту переднего элеватора. Для этого потребовались 2,5 часа упорной работы. В 10.32 Аоки приказал задействовать углекислотные огнетушители в ангаре. Однако это не остановило пожары. Через минуту “Акаги” пришлось повернуть влево, чтобы уклониться от атаки 4 торпедоносцев. Затем в 10.З6 встала его правая машина, и скорость упала до 12 узлов. В 10.40 был замечен одинокий американский торпедоносец, “Акаги” повернул, чтобы встретить атаку носом. В этот момент его руль заклинило, и все машины встали. “Акаги” оказался в очень трудном положении, так как из всего вооружения действовали лишь 25-мм автоматы № 1 и № 2, расположенные в самом носу. Однако торпедоносцы не причинили вреда. Главной опасностью для “Акаги” стали медленно расползающиеся пожары. Капитан приказал всю оставшуюся энергию переключить на водяные помпы, но так как они были повреждены, то не могли обеспечить нужного напора.