На ход программы оказали влияние и проблемы с достижением требуемой заметности. В июле 1991 г. во время испытаний самолета В-2 на малозаметность был выявлен недостаточно низкий (по сравнению с ТЗ) уровень его радиолокационной ЭПР на некоторых ракурсах и частотах (из 272 точек замеров). Проблема была решена прежде всего пересмотром требований и понижением их уровня. Обосновывалось это тем, что на некоторых режимах величина ЭПР не играет более значимой роли, поскольку некоторые средства ПВО, прогнозировавшиеся в 1982 г., так и не появились. Правда, разработаны новые технологии средств ПВО, и в некоторых случаях условия применения самолета усложнились, по сравнению с предполагавшимися. Но на основе комплексной оценки выживаемости (с учетом опыта практического использования малозаметных самолетов в ходе войны 1991 г. в Персидском заливе) было решено, что в некоторых случаях не стоит требовать точного выполнения ТЗ, поскольку это не улучшит общую выживаемость самолета. В других случаях, расходы значительно превышают получаемые преимущества.
Все же некоторые модификации по улучшению ЭПР будут осуществлены. К концу 1992 г. фирма Нортроп завершила летные испытания (на летающей лаборатории NTA-3B, модифицированной из бомбардировщика Дуглас А-3) трех потенциальных усовершенствований. Был выбран наиболее дешевый подход, который заключается в улучшении покрытий поверхностей и кромок без внесения крупных изменений в конструкцию самолета. Предполагаемая модификация парка из 20 самолетов В-2 обойдется в пару сотен миллионов долларов и может быть реализована до конца 1990-х годов в пределах целевой стоимости программы самолета, составляющей 44,5 млрд долл.
При постройке опытных самолетов встретился ряд производственных трудностей, в частности, проблемы с организацией бездефектного образования крепежных отверстий в конструкции и трудности с герметизацией топливного бака в центроплане самолета. Фирме Нортроп и ее субконтрактантам не удалось вначале выйти на предусмотренный уровень трудоемкости работ. По данным 1990 г. плановая и фактическая трудоемкости изготовления первого самолета составили соответственно 819.408 и 1.505.744 чел-ч, третьего самолета – 406.998 и 789.713 чел-ч. Число вносимых в техническую документацию изменений также превысило предварительные оценки ВВС. В начале 1989 г. поступало около 2 тыс. технических изменений в месяц, а всего к этому времени было внесено более 20 тыс.изменений. На первых машинах не выдерживаются требования по эксплуатационной технологичности самолета. Средняя трудоемкость обслуживания в середине 1993 г. составляла 80 чел-ч на 1 ч полета, тогда как требованиями предусматривалась величина 65 чел-ч (для бомбардировщика В-52 трудоемкость составляла от 32,7 до 40,6 чел-ч. в 1993 г.).
В результате задержек организация боевого подразделения самолетов В-2 (509-е бомбардировочное авиакрыло на авиабазе Уайтмен, шт.Миссури) началась лишь в апреле 1993 г. Первый строевой В-2 поставлен на авиабазу 17 декабря 1993г., боеготовность авиакрыла должна быть достигнута в конце 1995г. Авиакрыло должно включать две эскадрильи по восемь строевых самолетов в каждой.
Четыре самолета из общего парка в 20 машин будут, как предполагается, поочередно находиться на обслуживании или модификации. Предполагается, что каждый строевой В-2 будет иметь годовой налет 200…400 ч в год (около 16…33 полетов в месяц). Но каждый летчик будет обычно совершать всего 2…4 тренировочных вылета в месяц. Для поддержания необходимых навыков экипаж будет дополнительно тренироваться на тренажерах системы оружия, совершая на них около Пяти «полетов» в месяц.