До сих пор далай-ламы считались перерожденцами брайбунского настоятеля и последовательно занимали лишь эту должность. Хотя Брайбун был самым большим, по числу духовенства, монастырем Тибета, но в политической жизни всего Тибета ни монастырь, ни его настоятели не играли большой роли. Тибет в это время делился на уделы, управление коих было почти самостоятельным, и владельцы их вели между собою раздоры. Видя слабость тибетских светских правителей и желая захватить власть над ними, честолюбивый далай-лама Ловсан-чжямцо послал хошотскому Гуши-хану приглашение явиться в Тибет. История говорит, что у хана Ноян-хонхор хошотского было 6 сыновей. Из них четвертый, Турул-байхур, родился в 1582 г. Он уладил однажды спор между халхасцами и ойратами, за что получил титул Гуши-хана.
В 1637 г. Гуши-хан вторгся в Кукунор и овладел им. В это время пришло к нему вышеупомянутое приглашение, и он, действительно, явился на призыв в Тибет сначала лишь в качестве благочестивого богомольца, а спустя три года, т. е. в 1640 г., – во главе большого войска и вступил в борьбу с самым сильным из князей, жившим в городе Шихацзэ, цзанским Гарма-даньчжон, дед которого был простым подданным владельца ронского Риньбун-цзона и достиг власти над Тибетом. В это самое время на востоке начинали возвышаться маньчжуры, победившие одно за другим монгольские племена и шедшие победоносно к самому пекинскому престолу. Дальновидные Ловсан-чжямцо, Ловсан-Чойчжи-чжалцань и Гуши-хан, ища покровительства у этого народа, отправили в 1642 г. к маньчжурскому двору нарочитого посла, провозглашая Тайцзуна (так именовался полководец маньчжурский, покоривший Китай) «великим Хуанди-Манджушри» (тибетским Чжамьян), по созвучию названия этого божества со словом
В 1643 г. Гуши-хан после 7-месячной осады завладел Шихацз и убил его владетеля. Захватывая Тибет, Гуши-хан оправдывался тем, что он защищал угнетенную религию Цзонхавы. Логическим последствием такого оправдывания было то, что он поднес власть над Тибетом далай-ламе, хотя власть эта пока была лишь номинальной, так как фактическим главой Тибета сначала был сам Гуши-хан, а затем он поставил своего сына Даяна, наименовав его Очирту-ханом в силу принятого обычая давать особое наименование годам правления.
В 1652 г. далай-лама был принят маньчжурским императором Шунь-чжи на аудиенции и получил высочайшую грамоту и золотую печать В этой грамоте он официально был титулован «Вачира-дара-далай-лама».
В 1668 г. умер Очирту-хан, и ему наследовал сын его Пунцок с титулом далай-хана.
В 1695 г. принял подданство Китая сын далай-хана Лхавсан, или Лхацзан, который и был последним монгольским ханом Тибета. Пятый, знаменитый далай-лама умер в 1682 г., оставив после себя 25 больших томов сочинений.
После смерти его наступает самый смутный период в новейшей истории Тибета вообще и далай-лам в частности. Дело в том, что еще при жизни пятого далай-ламы в 1675 г. во главе управления его делами стал даровитейший из его учеников дэба Санчжяй-чжямцо, человек с большим образованием и замечательный политик. Он хотел отстоять независимость Тибета как от Китая, так и от Монголии. Для этой цели он задумал воспользоваться междоусобиями монголов и враждою чжунгаров к Китаю и начал с того, что скрыл смерть пятого, великого далай-ламы, чтобы не терять своей власти. Затем он для вида высказывал повиновение Китаю, с одной стороны, и поддерживал тайно Галдана, хана чжунгарского, в борьбе с халхасцами – с другой. Когда же переговоры между монголами не достигли умиротворения и чжунгарский Галдан был побежден императором Кан-си, обнаружились деяния Санчжяй-чжямцо, и он объявил далай-ламой своего ставленника Цан-ян-чжямцо, уроженца Монь-цзона, которого официальная летопись «Илэтхэл-шастир» называет ламой Ловсан-риньчэнем.
Уличенный в своей двуличной политике, Санчжяй-чжямцо вступил в открытую борьбу с Лхавсан-ханом, но был убит последним в 1705 г. Лхавсан обвинил в измене и далай-ламу Цан-ян-чжямцо, которого хотел доставить в Пекин. Во время пути, по официальным данным, опальный далай-лама умер в Кукуноре, но народное предание заставляет его еще долго жить, о чем упомянуто выше. Он считается тибетцами