В результате жесткой авторедакторский чистки «Человек-амфибия» стал художественной вершиной А.Р. Беляева, но не уберег его от яростных атак критиков. Беляева и его роман «Человек-амфибия» обвиняли практически во всех смертных грехах: в асоциальности, в антинаучности, в буржуазности, в подражательстве… С особой ретивостью набрасывались на писателя в «тюремные» 30-е. Рецензируя «Человека-амфибию», довольно известный в те годы критик Александр Ивич (псевдоним Игнатия Бернштейна) буквально уничтожал Беляева как писателя: «В этой научно-беспредметной повести нет ни социального, ни философского содержания. Роман оказывается ничем не загруженным, кроме серии средней занимательности несколько статичных приключений.
<…> „Человек-амфибия“ оказался развлекательным романом, книгой легкого чтения, не имеющей сколько-нибудь заметного литературного значения». Другой рецензент «Литературного обозрения» столь же невнятно клеймил фантаста: «В мире научной фантастики, оказывается, все возможно. И писатель может писать произведения, не имеющие ничего общего с его собственными установками» (1938. № 24).На якобы научную несостоятельность «Человека-амфибии» в первую очередь и обрушивались критические замечания, что лишний раз подтверждало нежелание рецензентов понять специфику фантастического жанра. Нелестно отозвался о романе даже маститый литературовед В. Шкловский, который и сам в 20-е грешил фантастикой: «Странная амфибия, чисто фантастический роман, к которому пришиты жабры научного опровержения»
(Дет. лит. 1938. № 20). Неодобрительно отзывались о романе даже коллеги-фантасты. Например, Абрам Палей: «В социальном же отношении идея романа реакционная, так как она пропагандирует ничем не оправданные хирургические эксперименты над людьми» (Лит. учеба. 1936. № 2).Негативное отношение как к Беляеву, так и к главной его книге сохранялось достаточно долго — даже после смерти фантаста. Вот как, например, трактует роман критик О. Хузе: «…В фантастическом романе А. Беляев развивает реакционную идею отказа от борьбы угнетенных за свои права и предлагает им биологические приспособления, чтобы обосноваться для жизни в подводном мире»
(Сб. «Вопросы детской литературы», 1953). Не менее «красочно» выглядит характеристика, посмертно выданная писателю во втором издании Большой советской энциклопедии (1950): «Автор многих живо и увлекательно написанных научно-фантастических рассказов и романов… Однако некоторые произведения Б. не свободны от штампов буржуазных фантастических романов, что приводило иногда писателя к отступлению от реализма (роман „Человек-амфибия“)».Время, однако, расставило все на свои места. Любовь читателей оказалась куда сильнее идеологических установок.
Научно-фантастический роман «Человек-амфибия» возник не на пустом месте. В авторском послесловии к журнальной публикации Беляев прямо признавался, что в основе романа события действительные: