Система противокатерной обороны ЧФ оставалась неизменной с конца 1942 г. и включала в себя посты СНиС и катерные дозоры вдоль побережья, береговые артиллерийские и прожекторные батареи, а также вечернюю и утреннюю воздушную разведку маршрутов развертывания катеров. Зачастую разведке удавалось своевременно обнаружить выход противника в море, но отсутствие сил и довольно напряженный график перевозок не позволяли не только предпринять эффективных контрмер, но хотя бы временно приостановить движение конвоев. На основании данных о ночных действиях катеров с наступлением рассвета организовывалось нанесение по ним воздушных ударов. Следует отметить, что командование ВВС ЧФ не всегда выделяло для этого достаточные силы, вследствие чего в большинстве случаев противник оставался безнаказанным. Наиболее успешные удары по отходившим катерам имели место 20 мая (повреждены три из четырех выходивших катеров, причем два серьезно), 29 августа (повреждены все семь «шнелльботов», в т. ч. три серьезно) и 11 сентября (из четырех катеров один потоплен и один поврежден). Помимо этого периодически ВВС ЧФ наносили удары по пунктам базирования катеров в Феодосии и Двуякорной бухте, но, осуществлявшиеся небольшими группами самолетов, эти налеты сколько-нибудь заметных результатов не имели. Тем не менее усиление действий нашей авиации вкупе с изменением общей обстановки на Черноморском театре, сопровождавшемся появлением новых задач, привели к резкому снижению угрозы катеров на наших коммуникациях в последние четыре месяца 1943 г. За этот период катера в общей сложности совершили всего 13 групповых выходов (58 катеро-выходов), израсходовали 19 торпед – все при стрельбе по открытому рейду Анапы, где ими были потоплены два катера-тральщика. Следует отметить, что в связи с участием в блокаде эльтигенского плацдарма в ноябре катера вообще не выходили на наши коммуникации ни разу, а все выходы в декабре были абсолютно безрезультатными. В этот период обеспечение действий катеров со стороны немецкой авиации практически отсутствовало, причем как со стороны истребителей, которые должны были прикрывать катера с рассвета, так и со стороны самолетов-разведчиков. Из-за этого выходы стали производиться не на перехват конкретных целей, а наудачу, что резко сократило число контактов и, как следствие, результативность.
Для нарушения наших коммуникаций противник использовал и минное оружие, хотя масштабы его применения нельзя считать большими.
Еще в середине февраля, когда командование кригсмарине убедилось в том, что наши войска прочно удерживают Малую Землю, была предпринята первая попытка заблокировать снабжение плацдарма. В качестве способа избрали минные постановки с воздуха. Они начались в ночь на 25 февраля и продолжались по меньшей мере до 27 марта. В немецких документах число выставленных мин обнаружить не удалось, по данным же Новороссийской ВМБ за 1-й квартал была отмечена постановка 236 мин, что несколько преувеличенно, так как в цифру вошло некоторое количество упавших в воду авиабомб. Из-за сильной ПВО района Геленджика и ветров в саму Геленджикскую бухту упало всего 72 мины, что говорит о невысокой точности немецких пилотов. Еще 33 мины упали на берег, из них 24 взорвались, причем некоторые через несколько суток, а девять удалось разоружить. В ночь на 28 февраля одну постановку (24 мины) на маршруте движения конвоев выполнили «шнелльботы».