Шеф СД Райнхард Гейдрих осенью 1941 года получил назначение в Чехословакию в качестве заместителя протектора Богемии и Моравии. Получив от Гитлера указание принять жесткие меры по отношению к беспокойным чехам, Гейдрих намеревался начать свое правление с показательного процесса против чешского дивизионного генерала Алоиса Элиаша, возглавлявшего национальное правительство в Праге, который уже давно подозревался в сотрудничестве с чешским движением Сопротивления и эмигрантским правительством в Лондоне.
С середины 1940 года СД требовала смещения Элиаша и отдачи его под суд. Но тогдашний имперский протектор барон фон Нейрат возражал. Да и ведущий юрист Эрнст Лауц, обер-прокурор народного суда, считал, что обвинительный материал недостаточен для проведения такого процесса.
Новый заместитель протектора Гейдрих нашел путь, с помощью которого можно было бы свалить Элиаша. Зная, что тщеславный президент народного суда доктор Отто Тирак, старый боец, бывший до того первым национал-социалистским министром юстиции Саксонии, мечтал стать рейхсминистром юстиции, Гейдрих пообещал поддержать его кандидатуру на этот пост. И они решили арестовать премьер-министра Элиаша и судить. Обвинителем вместо скептически настроенного обер-прокурора Лауца должен был быть назначен представитель полиции безопасности. Главное управление имперской безопасности было близко к осуществлению своей мечты: будущий рейхсминистр юстиции поддерживал отстранение от судебных процессов прокуроров, еще в какой-то степени связанных с общепринятыми нормами закона. Он не возражал против произвола полиции безопасности, хотя и вынужденной выступать в судебном зале в прокурорской маске. Тирак был готов продать юстицию с потрохами, только бы быть назначенным на пост имперского министра юстиции, как он признался статс-секретарю Ротенбергеру.
Как и было условлено в Берлине, в Праге разыгралась драма Элиаша. Как только Тирак отпустил обер-прокурора в краткосрочный отпуск, Гейдрих арестовал чешского премьер-министра, а шеф пражского гестапо оберштурмбанфюрер СС Ганс Гешке взял на себя роль обвинителя. Прежде чем в министерстве юстиции в Берлине разобрались что к чему, спектакль был разыгран. 29 сентября Гешке предъявил Элиашу обвинение, 30 сентября коллегия народного суда прибыла в Прагу, 1 октября провели судебное заседание, длившееся четыре часа. Приговор гласил: смертная казнь за попытку совершения государственной измены и поддержку вражеских действий.
Отто Тирак проделал неплохую работу, за что был вознагражден: благодарный диктатор назначил его 20 августа 1942 года рейхсминистром юстиции. Новый министр и далее тесно опирался на СС, передавая «черному ордену» одну часть законов за другой. 18 сентября 1942 года, по соглашению с Гиммлером, Тирак разрешил гестапо «корректировать» приговоры «специальными распоряжениями». Лица, получившие срок наказания более восьми лет, передавались полиции. В начале ноября 1942 года Тирак возлагает на полицию безопасности право ведения судебного разбирательства и вынесения приговоров в отношении поляков и евреев в захваченных восточных районах. Летом 1943 года он согласился на передачу права применения судебных наказаний в отношении евреев на территории рейха также главному управлению имперской безопасности.
Власть главного управления все более крепла. Некоторые круги в министерстве внутренних дел, которому полиция была формально подчинена, попытались навести определенный порядок, но в августе 1943 года, когда Гиммлера назначили министром внутренних дел, они уже ничего не могли сделать. Важнейшие функции министерства перешли к СД.
В ходе прошедшей чистки особенно пострадало главное управление министерства, которому подчинялась полиция общественного порядка, а контроль над уголовной полицией перешел к СД. Служба безопасности взяла на себя и такие аспекты полицейской деятельности, как вопросы регистрации граждан, организаций самой полиции и определения ее прав, прежде всего в области политики.
Гиммлер на вершине своей карьеры ликвидировал ведомство управления и права, с начальником которого министе-риальдиректором Вернером Брахтом ему нередко приходилось сталкиваться. Вместо него он создал ведомство управления экономикой, во главе которого поставил «старого бойца», группенфюрера СС Августа Франка. Поскольку к этому времени начальник полиции общественного порядка и соперник Гиммлера Курт Далюге тяжело заболел, рейхсфюрер СС ликвидировал последние остатки ее самостоятельности. Летом 1944 года СС взяла на себя и вопросы материального обеспечения полиции.
Следующим нововведением Гиммлера, свидетельствовавшим об усилении власти СС, стало создание главного экономического управления.