Пока Алексей предавался горьким размышлениям, пока упивался мыслью взять верх над колдуном с помощью царя-батюшки, Филипп подошёл к Алексею, уткнувшемуся лицом в стену, и сильными руками стал разминать, растирать ему ключицы, шею, позвоночник до самых ягодиц, и так несколько раз всё сильнее и сильнее, разминая мышцы и промеж позвонков. И Басманов почувствовал, что ему легче дышится, что руки вольно движутся, кулаки сжимаются. Он переступил с ноги на ногу и понял, что ноги его слушаются. И нервы у него сдали. Он ткнулся лбом в стену и во второй раз в жизни, после слёз, пролитых по незабвенной Ксении, заплакал. Но виду не показал: гордыня держала в узде. Не повернувшись к Филиппу, он вышел из клети и пропал в темноте каменного хода.
Звякнул засов, и Филипп вновь остался один. Он сел на скамью. На лице его светилась скупая улыбка. Он понял состояние Басманова: тот сделал первый шаг к очищению. «Дай-то Бог! Дай-то Бог! — мелькнуло у Филиппа. — Помолюсь за него, и придёт к покаянию, заблудший».
Иван Грозный был уже без узды. Выслушав Басманова, он крикнул:
— Я ему покажу Земскую думу! Хватит и в Москве мне крамольников! — Отпуская Басманова, наказал ему: — Пришли ко мне Лукьяныча!
Едва появился Малюта Скуратов, он повелел главе сыска:
— Ноне же вечером схвати боярина Михаила Колычева и доставь его в Арсенальную пыточную башню.
— Исполню, батюшка, — только и ответил Малюта.
Расправа с Михаилом Колычевым была жестокой и скорой.
Царь Иван пришёл в Арсенальную башню раньше, чем туда привели боярина. Он велел палачам приготовить плаху. Каты куда-то юркнули и тут же принесли тяжёлую дубовую плаху. В это время доставили Михаила Колычева. Он, похоже, сопротивлялся опричникам: на лице у него была кровь, а у Малюты под глазом синяк. Царь Иван обрадовался такому виду прибывших.
— Вижу, вижу колычевскую породу. Ты и на царя бы поднял руку?
— Подойди поближе, государь, и я покажу тебе своё хотение. — Царь не шелохнулся. — A-а, боишься! А я бы тебе плюнул в твои сатанинские глаза, чтобы ты ослеп.
К своему удивлению, Иван Грозный не обиделся на Михаила Колычева.
— Вот сейчас тебе отрубят голову, — сказал он спокойно, словно петуха приговорил к закланию, — и я пошлю её твоему братцу, бунтарю и клятвопреступнику Филиппу, коего ты с Ивашкой Фёдоровым навязал мне в митрополиты. Так ты передай ему из уст в уста, что то и ему грядёт. — И Грозный дал знак палачам.
Они вмиг подлетели к боярину, подхватили его под руки, поволокли за жаровню. Михаил успел крикнуть: «Ты сатана, а не царь! Будь проклят!» И тут же его бросили на плаху. Один палач прижал голову, другой взмахнул топором.
Царя сопровождал кравчий Фёдор Басманов. Грозный сказал ему:
— Вели палачам завязать голову в мешок. Тебе же должно отвезти её в Богоявленскую обитель, там преподнести клятвопреступнику Филиппу. Ему же передашь от моего имени: ежели митрополит не покается предо мной, то красоваться его лихой голове на колу близ Кремля.
Послав митрополиту зловещее предупреждение, царь Иван сделал, однако, видимость того, что внял опальному владыке, и созвал московских архиереев на собор. Он даже позволил соборным старцам навестить митрополита и вразумить его. Они пришли к нему скопом, и было моление и слёзы над головой убиенного боярина Михаила Колычева, кою Филипп получил от Ивана Грозного и не намерен был отдавать, дабы самому по православному чину предать земле. Позже, как успокоились старцы и Филипп, была долгая беседа. Иереи пытались убедить Филиппа покаяться перед царём. Он же не внимал им и пытался сам увещевать их:
— Зову вас, разумные россияне, не попирать Священное Писание и вразумить бессудного государя остановить свои безумства. Голова достойного христианина, присланная мне в устрашение, должна устрашить и вас. Всех вас ждёт подобная участь, ежели не остудим безумца. Воспряньте духом!
Соборные старцы пообещали постоять за митрополита на суде и попытаться остудить Ивана Грозного. Но им ничего не удалось сделать, их всех увезли скопом в Суздаль. Многие архиереи божились постоять за митрополита, но, когда после следствия пришёл час суда в Благовещенском соборе, никто из Земской думы и из членов Освящённого собора не произнёс и слова в защиту митрополита Филиппа Колычева. Всех их устрашила голова убиенного Михаила Колычева, кою им довелось видеть. И митрополит был вынужден защищать себя сам. Вначале соборяне выслушали в течение дня все показания свидетелей и лжесвидетелей «законопреступлений» Филиппа Колычева, якобы совершенных им в бытность сотским, иноком и игуменом. Ему даже вписали в вину насильственный постриг в монахи злодея князя Василия Голубого-Ростовского. Когда обвинения были изложены, царь решил, что сего достаточно, чтобы наказать митрополита самым жестоким образом. Он потребовал от Филиппа опровергнуть сказанное свидетелями и лжесвидетелями.
— Теперь говори в своё оправдание, ежели есть что сказать. — Иван Грозный смотрел на Филиппа пристально и пронзительно, пытаясь смутить его взглядом.