Директорство научным учреждением в это время было делом сложным и хлопотным. В ноябре 1917 года для руководства наукой и культурой был создан Народный комиссариат просвещения (Наркомпрос), который возглавил А. В. Луначарский. Организацией научных институтов и руководством их деятельностью в системе Наркомпроса занимался Научный отдел. А в 1922 году произошла реорганизация, и делами института стало заниматься Главное управление научными и музейными учреждениями (Главнаука). Количество бюрократов, занимавшихся наукой, увеличивалось. Увеличивалось и количество требований к институту.
Следуя традициям Петроградской биологической лаборатории, мы предполагали сочетать научно-исследовательскую работу с педагогической. В конце 1918 года Совет Высших курсов, состоящих при Биологической лаборатории, вынес решение о преобразовании курсов в специализированное высшее учебное заведение — Институт физического образования им. П. Ф. Лесгафта, который вошел в ведение Комиссариата здравоохранения. В последующие годы Петроградский научный институт им. П. Ф. Лесгафта и Институт физического образования им. П. Ф. Лесгафта сохранили тесные связи. Ученые Научного института читали лекции студентам и вели практические занятия, пользуясь кабинетами и музеями своего института.
Предметом особого моего внимания стала организация астрономического отделения. В августе 1918 года я представил в Совет, Научного института общирную программу работ нового отделения. Исходным моментом создания астрономического отделения явилась научная деятельность астрономической секции Русского общества любителей мироведения (РОЛМ).
И вообще многими успехами институт обязан привлечению к работе средств и сотрудников Русского обществ? любителей мироведения. Я стоял у истоков его создания.
Астрономией я увлекся еще в детстве. И это было серьезное увлечение. В 1907 году меня выбрали действительным членом Русского астрономического общества. После прочитанного мной цикла лекций по астрономии в 1908 году в Париже я был избран постоянным членом Французского астрономического общества, а через небольшое время и постоянным членом Британского астрономического общества.