Развалины города могут стать для его защитников бастионами и опорными точками сопротивления. Хорезмийцы, устроившись на обломках Ургенча, сопротивлялись при поддержке гражданского населения, прошедшего через ужасающие испытания. Чтобы покончить с этим, Угедей решил поджечь все кварталы, занятые турецкими наемниками. Огонь заставил отступить осажденных, но сотни мужчин и женщин погибли, обуглившись в пламени. После семи дней осады, посреди пожара, Угедей заметил парламентеров, объясняющих знаками, что они хотели бы начать переговоры. Один из уважаемых людей города Али-ад-дин Хайяти умолял Джучи проявить милосердие к последним смельчакам, защищавшим свою столицу: «Яви нам твое милосердие, после того как ты показал свою ярость».
Но Джучи ждал слишком долго. Он отказался — о мире не могло быть и речи. Он потерял много воинов, его душила ярость и жажда победы. Следовательно, уцелевших в бою могла ждать только смерть или ссылка на границы Центральной Азии, где их ждала участь рабов. В апреле 1221 года Ургенч, гордая столица шаха Мохаммеда, перестала существовать.
Описывая монгольское нашествие в «Современной истории», арабский историк Ибн аль-Асир рассказывает: «Все сражались — мужчины, женщины, дети; они сражались до тех пор, пока те [монголы] не захватили весь город, перебили всех жителей и разграбили все, что там находилось. Затем они открыли плотину и воды Джейхуна (Амударьи) затопили город и окончательно его разрушили… Те, кто ускользнул от татар, утонули или были погребены под развалинами. И не осталось ничего, кроме развалин и волн».
Монгольские хроники дают понять, что Чингисхан был глубоко раздосадован Пирровой победой, которую представляло собой взятие столицы Хорезма: осада Ургенча длилась шесть месяцев, и потери монголов были много тяжелее, чем обычно. Ответственность за это он возложил на императорских принцев, которые руководили военными операциями и в нарушение приказа присвоили себе всю добычу, захваченную в городе, не выделив той части, которая принадлежала отцу.
Хан уединился в лагере и в течение трех дней отказывался принять Джагатая и Угедея. Товарищи хана по оружию уговорили его быть снисходительнее; и, конечно же, они вели переговоры с обоими принцами, так как те вскоре явились, чтобы просить прощения. Когда они вошли в шатер Чингисхана, их встретил взрыв гнева. Троим военачальникам из его личной гвардии, носителям колчана Конгтакару, Чормагхану и Кончкаю удалось, в конце концов, смягчить гнев властелина, объяснив, что его сыновьям не хватало военного опыта и что несколько походов на Восток сделают из них настоящих боевых полководцев. Чтобы их закалить, — бросил один из гвардейцев, — почему бы не послать их в Багдадский халифат…
Джучи не явился в шатер великого хана. Он обосновался со своей ordu в степях, которые вскоре должны были стать его уделом. Но отношения с отцом остались явно натянутыми. Неизвестно, сам ли он решил удалиться, предпочитая держаться на расстоянии от Джагатая, или его против-нику-брату удалось с помощью интриг оттеснить его и навлечь на него немилость хана.
Тем временем шах Мохаммед переживал драматический период. После того как его столица была захвачена, а значительная часть войска раздавлена лавиной кочевников, он сумел создать вокруг себя только пустоту, более того, считая, что это помешает продвижению Чингисхана, он не колеблясь применил в своей собственной стране гибельную тактику выжженной земли. Совершив переход через пустыню Черных Песков (Кара-Кум), он углубился на юг и дошел до Нишапура, города, расположенного у подножия гор Бималуд в Хорасане. Со всех сторон гонцы приносили ему только плохие вести. Не в состоянии собрать войска, он решил тогда идти на северо-запад своей империи.
Но Чингисхан, более чем когда-либо жаждавший захватить шаха, отправил в погоню за ним трех из своих лучших полководцев — Токучара, своего зятя, Субетэя и Джэбэ с 20 000 всадников. У монголов был приказ взять в плен шаха Мохаммеда и не задерживаться в фортах, если они сдадутся без выстрела или не проявят воинственных намерений. Несмотря на эти инструкции Токучар не устоял перед искушением грабежа. Когда Чингисхан об этом узнал, он его разжаловал и сделал простым солдатом, приставив к нему для присмотра доверенного офицера; он даже хотел приказать отрубить ему за неповиновение голову, но в конце концов уступил мольбам дочери.