После Термеза армия Чингисхана вошла в Бактриану, на севере Афганистана, в район Балха. Известный в течение более трех тысяч лет, этот город был центром зороастризма. В VII веке до Рождества Христова он был занят Великим Киром. Два века спустя его, в свою очередь, завоевал Александр и женился там на принцессе Роксане. Городом правили Сасаниды, покровительствовавшие развитию в нем буддизма, пришедшего по Шелковому Пути, и в его стенах находились великолепные памятники древнего ислама. Затем он попал под власть Газневидов. В начале XIII века Балх переживал период расцвета кустарных промыслов, в прилегающих районах было высокоразвитое сельское хозяйство. Когда Джэбэ прибыл в этот город, преследуя Мохаммеда, власти Балха, признав своим сюзереном монгольского захватчика, сделали его открытым городом. Следовательно, он был защищен от грабежа.
Ибн аль-Асир пишет, что Балх сдался Чингисхану и был пощажен. Перс Джувейни утверждает, что капитуляция была хорошо принята ханом, но затем он изменил своему слову и, по обычаю, городское население «было разделено на сотни и тысячи, а затем зарублено мечами». Осенью 1222 года, снова проходя через Балх, хан приказал уничтожить оставшихся в живых. «И всюду, где еще стояла стена, — пишет Джувейни, — монголы сбрасывали ее на землю и во второй раз уничтожили в этой области все следы культуры». Даосский монах китаец Чан Чунь, проезжавший по этой области осенью того же года, подтверждает его слова: «Мы проехали через большой город Балх. Его жители недавно восстали против хана и были выселены, но мы могли еще слышать на улицах лай собак». По мнению Чан Чуня, Балх стал призрачным городом. Кажется правдоподобным, что Балх в самом деле был объявлен открытым городом, но какой-то инцидент спровоцировал резню и депортацию.
Города Хорезма, сдавшиеся захватчикам, были в своей массе помилованы, но те, которые отказались подчиниться или закрыли свои ворота в знак недоброжелательного нейтралитета, стали объектом жестоких репрессий. Разрушение qanat — ирригационных каналов — было особенно страшно для этих оазисов. Резервуары, затворы, плотины и шлюзы, терпеливо создаваемые поколениями садоводов, были повреждены или уничтожены. Поля и сады были затоплены, а каналы вскоре занесены песком. А в Хорасане, как и во всяком оазисе, только вода могла дать жизнь городам.
Несса стала добычей зятя Чингисхана, Токучара. Последний, в конце концов получивший прощение за участие в запрещенном грабеже, был восстановлен в должности командующего. В распоряжении Токучара, говорят, было около двадцати катапульт. Их поставили у самых защитных укреплений Нессы, и крупные камни, пущенные над крепостными стенами города, сеяли ужас и смерть, в то время как саперы под защитой башен на колесах добрались до глинобитных стен. Операции такого рода могли тянуться неделями, даже месяцами, если у осаждающих не было сообщников внутри осажденного города или с помощью хитрости им не удавалось проникнуть за стену, опоясывающую город. Защитники Нессы заделывали бреши в стенах, наваливали груды камней, строительного мусора, балки и тачки в местах повреждений. Через две недели монголам удалось проникнуть в город. Тогда начались его муки. Рассказывают, что осаждавшие заставляли горожан привязываться один к другому, затем собираться тысячами за пределами укреплений, где лучники выпускали в них стрелы как в мишень. Всех, кто был только ранен, без пощады добивали саблями; если верить персидским летописцам, было умерщвлено 70 000.
В ноябре 1220 года пришла очередь Нишапура испытать на себе осаду Токучара. Город славился своими памятниками IX века и керамикой с геометрическими или анималистскими мотивами, некоторые — по образцу китайской. Токучар бросил своих людей на приступ, но одна из стрел, выпущенная из амбразуры зубца стены, смертельно ранила его. Временно прекратив военные действия, его войска сняли осаду и из мести опустошили окрестные селения.
Несколько месяцев спустя, в феврале 1221 года, четвертый сын Чингисхана Толуй во главе 70 000 всадников — в основном, захваченных в соседних государствах, — двинулся на Мерв, сегодня город Мары в Туркменистане. Древняя столица Маргианы, город принадлежал Сасанидам, затем арабам. При Сельджукидах Мерв переживал период расцвета экономики и культуры, о чем свидетельствовал купол, облицованный бирюзово-голубыми изразцами, сооруженный над могилой султана Санджара. Защитники Мерва считали себя в безопасности за надежными крепостными стенами, когда 25 февраля 1221 года монголы Толуя подошли к воротам города. В сопровождении 500 всадников Толуй целых шесть дней изучал укрепления, прежде чем начать штурм. Осажденные сделали две вылазки, но оба раза потерпели поражение. Правитель города объявил тогда о капитуляции Мерва, получив заверения в том, что кочевники не прибегнут к насилию.