Африканские мусульмане принадлежат к суннитскому направлению, мусульман-шиитов здесь совсем мало. Однако среди различных суннитских школ уже в Средние века шли нескончаемые кровопролитные войны. В Северной Африке Альморавиды дрались с Альмохадами, и мусульманские династии сменяли друг друга с калейдоскопической быстротой в кровопролитных нашествиях. По всему Великому Судану приверженцы религиозной школы Кадирийя громили города приверженцев школы Шадилийя, создавались и гибли новые, исконно африканские религиозные учения, сторонники которых немедленно включались в братоубийственные межконфессиональные конфликты. Они продолжаются на континенте и сейчас. Например, фанатичные мусульмане-салафиты, на короткое время захватившие в 2012 г. Тимбукту, немедленно принялись уничтожать многочисленные мавзолеи, созданные здесь в Средние века их единоверцами суфийского направления. Поклонение святым салафиты считают язычеством. На всякий случай была взорвана и мечеть Сиди-Яхья, построенная в XV в.: салафиты объяснили, что её архитектура не соответствует Корану и «Аллаху не нравится». Памятники африканского ислама, бережно охранявшиеся христианскими властями в колониальную эпоху, оказались разрушенными самими мусульманами.
Ислам в Африке продолжает набирать вес, тесня как традиционные верования, так и христианство. По причинам, о которых можно дискутировать вечно, мусульманская религия нередко оказывается сильнее христианской – во всяком случае, истории неизвестны случаи массового перехода населения из ислама в христианство, в то время как обратных примеров великое множество. В последние годы ислам завоёвывает новые прочные позиции в Гане, Камеруне, Габоне, Кении и других странах. Однако динамика очень часто зависит от политической ситуации: если к власти приходит исламская элита, положение мусульман существенно облегчается, и наоборот. В частности, в последние годы мусульманам удалось укрепить своё положение в Кот-д’Ивуаре после победы оппозиции в многолетней гражданской войне в 2011 г. А вот в Центрально-Африканской Республике гражданская война 2012–2014 гг. привела к взаимному геноциду христиан и мусульман и их массовому исходу из страны. В последние годы не утихает и в ближайшие годы вряд ли утихнет насилие в Нигерии, примерно пополам разделённой между двумя крупнейшими мировыми религиями.
Ещё не так давно в Северной Африке проживало довольно много евреев: в основном это были сефарды, изгнанные из Испании королевскими эдиктами Фердинанда и Изабеллы в конце XV в. В городах Марокко, Алжира и Туниса существовали обширные кварталы, заселённые иудеями, которые весьма мирно уживались с мусульманским населением. Однако в XX в. иудейская диаспора сильно поредела: этнические конфликты и усиление влияния исламистов вынудили еврейское население эмигрировать из Марокко в Израиль, а из Алжира и Туниса – во Францию. Сегодня знаменитое еврейское кладбище в марокканском Фесе почти заброшено, а в Тунисе сохранилась единственная синагога на острове Джерба, охраняемая армейскими подразделениями как настоящая крепость. В 2002 г. перепись населения Ливии выявила лишь одну женщину-еврейку, хотя столетием ранее здесь проживало более 20 тыс. иудеев. Вероятно, в Северной Африке сегодня живёт не более 10 тыс. евреев, в то время как ещё в 1948 г. в одном лишь Марокко их насчитывалось более 250 тыс. человек.
Подходит к концу и история иудейской общины в Эфиопии. Это фалаша, несколько сотен человек, проживающих компактными общинами в деревнях на севере страны. Когда-то последователей первой из ближневосточных монотеистических религий в Эфиопии было значительно больше: иудеи появляются здесь ещё на заре нашей эры. После распада Аксумской империи в первые века новой эры на её развалинах появляются иудейские княжества – весьма необычное явление для Африки.
В этих районах, в северной части Эфиопии, евреи преимущественно занимались кузнечным и гончарным ремёслами, а в деревнях земледелием. По сей день в окрестностях города Гондэра фалаша считаются прекрасными кузнецами. В Средние века они составляли грозную силу и не раз поднимались на войну против эфиопского правительства за свою религиозную и политическую независимость. Однако исторические перипетии сильно сократили численность эфиопских иудеев, а жестокая засуха и голод в 80-х гг. XX в. поставили их на грань выживания. Тогда по соглашению с правительством Эфиопии забрать всех фалаша на землю обетованную решил Израиль – большинство последователей иудаизма были вывезены на Святую землю. Последний самолёт с фалаша приземлился в Израиле в августе 2013 г.