После ряда стендовых испытаний 26 мая 1936 года первый прототип совершил пробный полет. Пилот Эвальд Рольф (Ewald Rolf) продержал машину в воздухе полминуты. 10 июня этот же испытатель успешно произвел посадку в режиме авторотации. В феврале 1938 года аппарат был показан берлинской публике и государственным деятелям, причем летчица Ханна Рейч провела показательный полет внутри закрытого зала с потолком высотой всего 30 метров. Конструкция вертолета оказалась весьма передовой: за 1930—38 годы FW 61 побил все существовавшие до того зарегистрированные рекорды ФАИ в номинации «Вертолеты и автожиры». Максимальная скорость машины достигла 122,5 км/ч, потолок — 2439 метров, перегоночная дальность — свыше 160 км. 20 июня 1938 года за первым опытным образцом к испытаниям приступил второй — Fw 61V2. Его пилот, Карл Боде (Karl Bode) впервые поднялся на высоту 3427 метров и совершил перелет на дальность 230 с лишним км.
Тем временем Г. Фокке, вынужденный оставить основанную им компанию по политическим мотивам, приступил к созданию новой фирмы, получившей название «Focke-Achgelis». В связи с успехом Fw 61 ему была оказана довольно существенная поддержка, причем конструктору предложили целиком посвятить себя разработке вертолетов. В том же 1938 году фирма получила заказ Министерства авиации на разработку винтокрылой машины, способной перевозить грузы массой до 700 кг. Вертолет планировалось использовать в качестве грузопассажирского, способного перевозить 6 человек без учета экипажа. Проекту был присвоен индекс Fa 266, его разработкой занялось КБ фирмы, размещенное в Дельменхорсте (район Бремена). НИОКР были значительно ускорены продолжающимися испытаниями Fw 61, которые помогли решить ряд сложных технических проблем.
В основу конструкции Fa 266 вновь был заложен принцип поперечного размещения несущих винтов. Таким образом, новая машина представляла собой значительно увеличенный в размерах и доработанный Fw 61. В качестве силовой установки планировалось использовать новый 9-цилиндровый радиальный двигатель воздушного охлаждения BMW Bramo 323 «Fafnir» мощностью 1000 л. с., при 2500 об/мин.
В то время как продолжались работы над вертолетом, командование ВВС решило использовать новую машину в военных целях. Эти намерения активно поддержало руководство военно-морского флота, давно пытающееся найти подходящий образец постановщика мин, тральщика и противолодочного летательного аппарата. Планировалось даже оснащать Fa 266 457-мм торпедой! По этой причине вслед за первым опытным экземпляром Fa 266 последовали два других, уже чисто военных варианта. В связи с тем, что в этот период в люфтваффе приняли систему сквозной нумерации всех машин, одноместные военные вертолеты получили индекс Fa 223. Разрабатывавшийся параллельно с базовым образцом двухместный учебно-тренировочный стал называться Fa 224; на нем планировалось устанавливать маломощный (всего 240 л. с.) двигатель «Argus». Поскольку впоследствии для обучения курсантов было решено применить серийный Fa 223, оснащенный двойным управлением, разработку специального тренировочного варианта прекратили.
Первый прототип (Fa 223V1) был завершен в октябре 1939 года. В связи с наличием ряда недоработок (в частности, при раскрутке лопастей винтов наблюдалась сильная вибрация несущих элементов корпуса) машина была подвергнута интенсивным наземным тестам и ряду усовершенствований силовой передачи. Впервые в воздух вертолет поднялся 3 августа 1940 года (пилот — Карл Боде). Программа испытаний была продолжена в Рехлинском центре, куда машина прибыла из Дельменхорста своим ходом. Вскоре детище Фокке в очередной раз побило рекорды ФАИ (максимальная скорость с балластом 3705 кг — 182 км/ч, потолок — 7100 метров). Однако 5 февраля 1941 года вертолет потерпел аварию. Его сменил Fa 223EV2 с мотором Bramo, но с фюзеляжем новой конструкции. В отличие от VI, носовая часть второго прототипа была полностью остеклена в форме многогранника. В ней устанавливался 7,92-мм пулемет MG15, обстреливающий нижнюю и переднюю полусферы. Кроме того, окна были прорезаны и в грузовой кабине.
Шасси и подкосы ферм несущих винтов закрывались обтекателями — эта мера должна была обеспечить увеличение скорости машины до 220 км/ч. Однако испытания второго прототипа так и не состоялись: он погиб в июне 1942 года при налете английской авиации на завод в Дельменхорсте. Та же судьба постигла третью предсерийную машину — Fa 223EV3, которая отличалась от предшественников лишь измененной хвостовой частью, общей для всех выпущенных позднее серийных вертолетов. Кроме того, были уничтожены семь предсерийных машин модификации Е, чье производство началось с января 1942-го.