Параллельно на аэродроме Венло (вблизи голландско-немецкой границы) была сформирована 2-я эскадрилья JС 400 под командованием капитана Отто Бенера (Otto Boehner). В конце августа 1944 года подразделение передислоцировали в Брандис, где из него и 1-й эскадрильи образовали 1-ю авиагруппу 400-й эскадры (I./JG 400). Командование группой принял капитан Фульда (Fulda). В конце сентября из Бад-Цвишенана в Брандис была переброшена «Испытательная команда 16». Часть ее персонала отправлена на авиабазу Удегфельд с целью формирования учебно-тренировочной эскадрильи (Ergaenzungstaffel) в составе]G 400. Впоследствии она была преобразована в 4-ю группу 2-й учебной истребительной эскадры (IV./FJG 2) в составе 13-й, 14-й и 15-й эскадрилий. В конце декабря 1944 года из этих подразделений планировалось создан, новую, 3-ю авиагруппу 400-й эскадры (III./JG 400), однако эти планы выполнены не были.
Несколько раньше, осенью 1944-го, капитан Рудольф Опиц приступал к формированию в Штаргарде истребительной группы II. /JG 400. В ее задачи входила защита завода по производству синтетического топлива в Пелитцере, расположенного в 45 км от Штаргарда, то есть в радиусе действия Ме 163В. В это время из 54-й истребительной эскадры вернулся Вольфганг Шпете, принявший командование JG 400. К 31 декабря 1944 года в ее составе числилась 71 машина Me 163, в том числе 63 в 1-й группе и всего восемь — во второй. Через месяц ситуация была выровнена: I./JG 400 располагала 45 «Кометами», a II./JG 400 — 46.
В боевых действиях участвовала преимущественно 1-я истребительная группа, на боевом счету которой числится 9 воздушных побед. Собственные потери составили 11 самолетов большинство «Комет» погибло по причине раз личных технических неполадок, в том числе взрывов остатков топлива при посадке. Лишь 5 машин уничтожила авиация союзников. Англо-американским истребителям удавалось сбить Me 163, как правило, когда последние, исчерпав запас горючего, заходили на посадку в планирующем полете. В этот момент немецкие машины были абсолютно беззащитны и легко уничтожались.
II./JG 400 достигла уровня боеготовности в самом конце войны, однако полное отсутствие топлива не позволило ее машинам принять участия в боях. К моменту капитуляции Германии авиагруппа дислоцировалась на побережье Северного моря, в Гузуме (34 км западнее Шлезвига). III./JG 400 в начале мая 1945 года все еще находилась в процессе формирования. Вероятно, последним успехом Me 163 в мировой войне стало уничтожение «Кометой» из состава E.Kdo 16 американской «Летающей крепости» 10 мая 1945 года. Вражеский самолет был сбит новым оружием — 50-мм гладкоствольной пушкой SG 500 «Jagdfaust».
Всего же из примерно 320 построенных самолетов (преимущественно модификации Me 163В-1а), 279 единиц поступили на вооружение ВВС: 237 в 1944 году и 42— в следующем.
В конце войны значительное количество Me 163 попало в руки англичан и американцев. Войска США 19 апреля 1945 года захватили аэродром Брандис, где базировались I./JG 400 и E.Kdo 16 (правда, немцы успели уничтожить почти всю матчасть). Британцы заняли территорию Северной Германии, в том числе Гузум, Киль и Шлезвиг, где были размещены авиационные подразделения, оснащенные «Кометами». Кроме того, английские войска получили некоторое количество Me 163А, находившихся в Бад-Цвишенане: в Великобританию было отправлено 24 машины. Из этого количества 4 самолета передано Франции, 2 —Канаде, 1 — Австралии и 5 США. Части Красной Армии тем временем захватили часть промышленных предприятий, производивших комплектующие для Me 163 и испытательный центр в Дессау. Впоследствии все эти самолеты подверглись тщательным исследованиям.
«Американские» Me 163 перевезли из Шербура в Ньюарк английским авианосцем «Reaper» в начале августа 1945 года. Два самолета были отремонтированы, а 5 октября один из них подготовлен к испытаниям. 12 апреля «Комета» переправлена на авиабазу Мердок транспортным самолетом С 82, где ею занялись находившийся к тому времени в США профессор Липпиш и летчик-испытатель Л Фогель (Vogel). С 3 мая 1946 года Me 163В приступил к полетам на буксире стратегического бомбардировщика В 29 «Superfortress».
Англичане перевезли доставшиеся им «Кометы» тяжелыми транспортниками «York» в Королевский институт аэронавтики (Royal Aeronautical Establishment) в Фарнборо. Туда же отправили нескольких немецких механиков. Первые безмоторные полеты Me 163А состоялись еще 11 июля 1945 года на авиабазе Уисли с травяной ВПП. Пилотировал машину капитан Эрик Браун (Eric Brown). Испытания проведены на буксире истребителя «Spitfire» F.Mk IX. 10 октября 1946 года состоялся первый полет «Кометы», оснащенной ракетным двигателем (на высоту 4000 метров ее поднял тот же «Спитфайр»). Программа завершена в 1947 году.