24 августа 1945 г. постановлением ГКО приемку Ер-2 прекратили. Это решение было предопределено отрицательными результатами войсковых испытаний, закончившихся в 18-й бад. К уже известным претензиям строевые летчики добавили ведомость дефектов, содержащую почти полсотни замечаний. Главный инженер ВВС КА генерал-полковник ИАС А. К. Репин с тревогой отметил, что
Первым делом директор завода Абрамов приказал прекратить всякие доводки самолетов, уже законченных производством. К этому моменту предприятие заканчивало выпуск машин 22-й серии. Пять бомбардировщиков из этой серии были разобраны и использованы в качестве «заготовок» для варианта «ММ». Поступившие к сентябрю 1945 г. из ОКБ П. О. Сухого 1100 чертежей, отличавшие этот вариант от прежнего, составляли всего 75 % от потребного количества, следовательно, всего предстояло внести более 1450 изменений. Что касается варианта Ер-2БМ (большая модернизация), то здесь ожидалось приблизительно 3000 изменений по сравнению с «базовым» бомбардировщиком. Срок готовности Ер-2БМ устанавливался — 1 января 1946 г.
Но сроки, как это уже не раз было с «ером», оказались сорваны. В качестве причин руководством завода выдвигались несвоевременная передача чертежей главным конструктором и неготовность «доработанных» моторов. Проект Ер-2ММ предполагал использование более мощных дизелей АЧ-31 с флюгерными винтами АВ-7Е-18К. Это мероприятие обещало устранить два самых главных недостатка бомбардировщика — невозможность полета без снижения на одном моторе и неприемлемо большую длину разбега. Моторы АЧ-31 до конца года так и не поступили на завод, поэтому на построенных таки в декабре (!) трех Ер-2ММ пришлось установить обычные серийные АЧ-30Б.[35]
Но значительная часть вины лежала и на заводе № 39. Как отмечал старший военпред инженер-подполковник Никулин,Заметим, что в приказе № 359 отмечалась неудовлетворительная работа конструктора Чаромского и заводов № 45 и № 500 по доводке и устранению дефектов дизеля. Всего указывались 24 дефекта (в том числе обрыв шатунов, поломка поршневых колец, коленвала, подшипников турбокомпрессоров). К концу ноября мотористам удалось в основном устранить все дефекты, кроме одного: ненадежной работы топливной аппаратуры. Директора моторных заводов М. Л. Кононенко (№ 500) и М. С. Комаров (№ 45) на совещании в НКАП справедливо указывали, что ответственность за это должны нести изготовители топливных насосов и форсунок, то есть предприятия-смежники № 219 и № 315. Вместе с тем Кононенко считал, что требования военных чрезмерны: