В феврале появились повстанцы в Виленской губернии, а в первой половине марта — и в Ковенской. В Вильно из Петербурга приехал Сераковский, назвал себя Доленгом и сам себя провозгласил литовским и киевским воеводой. Он сформировал отряд, насчитывавший около трех тысяч человек, и направился встречать высадку на берегах Курляндии, которую затеял Центральный комитет, чтобы придать значение восстанию. Однако пароход, вышедший с польскими эмигрантами из Лондона, добрался только до порта Мальме в Швеции, где на него наложили секвестр. Сераковский так и не дождался высадки. Его отряд стоял в форте Кнебе среди большого густого леса к северу от местечка Оникшты Вилькомирского уезда.
Узнав о движении русских со стороны Вилькомира, повстанцы 21 апреля двинулись к местечку Биржи, на пути присоединив отряды Поневежского и Ново-Александрийского уездов.
22 апреля в Оникшты прибыл генерал-майор Гонецкий (пять с половиной рот, один эскадрон, 120 казаков). Чтобы отрезать повстанцев от Поневежских лесов, он направил майора Мерлина (полторы роты, 70 казаков) на деревню Шиманцы, а майора Гильцбаха (две роты, один взвод улан) в местечко Собоч. Остальные части Гонецкого 23 апреля перешли в Шиманцы. 25 апреля Мерлин настиг Сераковского (800 человек) у местечка Медейки, опрокинул его и начал преследование. Гонецкий соединился с Мерлином у Медеек.
26 апреля русский отряд обнаружил повстанцев у деревни Гудишки на хорошей лесной позиции. Гонецкий атаковал и быстро рассеял поляков, однако около трехсот человек успели присоединиться к находившейся невдалеке шайке ксендза Мацкевича. 27 апреля у деревни Ворсконишки шайка Мацкевича была разбита, ее остатки разбежались. Гонецкий возвратился в Медейки и в тот же вечер выслал конницу в Попель и Понедели. Кавалеристы захватили до 150 поляков пленными и ранеными, в их числе и самого Сераковского с его помощником Колышко.
Между тем Гильцбах 25 апреля настиг отряд в 500 человек у местечка Говенишки и рассеял его. 28 апреля Гонецкий двинулся обратно в Оникшты. На пути по Вилькомирскому уезду он очистил все окрестности от повстанцев.
В Ковенской губернии в апреле и мае 1863 г. восстание, поддержанное католическим духовенством и польскими помещиками, приняло большой размах.
В первой половине апреля появились первые небольшие отряды в Минской губернии (Траугута и Свенторжецкого), а затем в Витебской и Могилевской. 13 апреля у местечка Креславка близ Двинска шайка из местных помещиков под командованием графов Плятера и Миля напала на русский транспорт с оружием, но была разбита. В конце апреля повстанцы напали на местечко Горки Могилевской губернии и сожгли часть домов.
В Виленском военном округе находилось около 60 тысяч русских войск, но с февраля 1863 г. начали подходить подкрепления: восемь пехотных полков, два стрелковых батальона, восемь казачьих полков. Основная масса подошла в апреле и мае, а в августе были сформированы из резервных батальонов шесть пехотных дивизий (26-, 27-, 28-, 29-, 30– и 31-я). Назначенный в Вильно генерал-губернатором вместо Назимова М. Н. Муравьев прибыл 14 мая, а 24 мая вышла его «Инструкция для устройства военно-гражданского управления». Войска стали преследовать шайки до полного их истребления и водворения в данной местности спокойствия и порядка. Принятые энергичные, последовательные и хорошо продуманные меры быстро усмирили восстание. В конце июня действия войск Виленского округа ограничились поисками незначительных групп мятежников, скрывавшихся от преследования.
Из Галиции в разное время прибывали отряды мятежников общей численностью до 10 тысяч человек. Ржонд выделил на эти цели за три месяца до миллиона рублей. 3 марта перешел границу у Люхова и двинулся на Наклин отряд Чаховского (800 человек). Начальник Яновского уезда полковник Медников выслал две колонны: майора Штернберга (2 роты пехоты и 37 казаков) и капитана Завадского (полурота и взвод улан). После нескольких стычек русские войска 9 марта около города Гута-Кржешовского нанесли Чаховскому поражение. Часть отряда ушла обратно в Галицию, а остальные разбежались. Медников вернулся в Янов.