К середине июля 1941 года в условиях крайне напряженной обстановки войскам Красной Армии удалось временно стабилизировать фронт. Как и прежде, главным направлением на советско-германском фронте оставалось Центральное. На этом направлении Ставка Верховного Главнокомандования создала новый стратегический фронт обороны путем выдвижения армий из своих резервов, но и он уступал врагу: по людям — в 2 раза, по орудиям и минометам — в 2 раза, по самолетам — в 2 раза, а по танкам соотношение было 4 к 1 в пользу противника.
Первые два месяца войны я выполнял обязанности только в Генштабе. В разгар Смоленского сражения, 30 июля, чтобы надежнее прикрыть направление на Москву и создать здесь более глубокую оборону, Ставка образовала Резервный фронт. Его командующим стал Г.К. Жуков, начальником штаба фронта — генерал-майор И.И. Ляпин, которого 10 августа сменил генерал-майор А.Ф. Анисов.
Начальником Генерального штаба в ночь на 30 июля был назначен Маршал Советского Союза Б.М. Шапошников. И.В. Сталин предпочел использовать командный опыт Г.К. Жукова непосредственно в войсках. Во главе всего штабного аппарата встал тот, кто в те месяцы мог, пожалуй, лучше чем кто-либо обеспечить бесперебойное и организованное его функционирование. В тот момент Ставка располагала данными, что на Северо-Западном направлении враг, где его наступление, хотя и с большим трудом, было временно приостановлено, спешно готовит с целью овладения Ленинградом три ударные группировки: одну — для наступления через Копорское плато, вторую — в районе Луги для удара вдоль шоссе Луга — Ленинград, третью — северо-западнее Шимска для наступления на новгородско-чудовском направлении.
30 июля для рассмотрения мероприятий, проводимых по усилению обороны Ленинграда, в Ставку вызвали главкома Северо-Западного направления К.Е. Ворошилова и члена военного совета А.А. Жданова. В обсуждении вопроса принимал участие и Б.М. Шапошников. По возвращении из Ставки в Генштаб (это было около 4 часов утра 31 июля) Борис Михайлович объявил мне, что в Ставке среди других вопросов стоял вопрос об усилении аппарата командования Северо-Западного направления и что Ворошилов по окончании заседания предложил назначить меня на должность начальника штаба. Б.М. Шапошников поинтересовался моим мнением. Я совершенно искренне считал, что если Климента Ефремовича не удовлетворял в этой должности такой способный, всесторонне подготовленный оперативный работник, как М.В. Захаров, то уж я, безусловно, вряд ли ему подойду. Б.М. Шапошников предупредил меня, что вечером Ставка вновь будет заниматься Северо-Западным направлением и что, видимо, вопрос о моем назначении будет решен. Он рекомендовал использовать оставшееся время для более детального изучения оперативной обстановки на этом направлении.
Весь день я просидел, погрузившись в карты и бумаги. А глубокой ночью Борис Михайлович, вернувшись из Кремля, ознакомил меня с новым решением Ставки: я назначался начальником Оперативного управления и заместителем начальника Генштаба.
1 августа я приступил к исполнению этих обязанностей. Ставка и Генштаб помещались тогда на Кировской улице, откуда быстро и легко можно было во время бомбежки перебраться на станцию метро «Кировская», закрытую для пассажиров. От вагонной колеи ее зал отгородили и разделили на несколько частей. Важнейшими из них являлись помещения для И.В. Сталина, генштабистов и связистов.
Как-то очередная воздушная тревога застала меня во время переговоров с Юго-Западным фронтом как раз возле подземного телеграфа. Мне срочно потребовалось подняться наверх, чтобы захватить с собой некоторые документы. Возле лифта я встретил членов ГКО во главе с И.В. Сталиным. Поравнявшись со мной, Сталин, показывая на меня шедшему рядом с ним В.М. Молотову и улыбаясь, сказал:
— А, вот он где, все неприятности — от него, — а затем, здороваясь со мной, спросил: — Где же вы изволили все это время прятаться от нас? И куда вы идете, ведь объявлена воздушная тревога?
Я ответил, что работаю по-прежнему в Генеральном штабе и иду захватить необходимые материалы, после чего возвращусь…
Эта встреча произошла до моего назначения начальником Оперативного управления и заместителем начальника Генштаба. С февраля 1940 года до этой встречи я не имел возможности видеть И.В. Сталина.